曼哈顿图

纽约曼哈顿：

 曼哈顿图：

曼哈顿图（Manhattan plot）是一种常用于基因组关联分析（GWAS）结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。

曼哈顿图以染色体上的位置为横轴，统计显著性（通常是负对数P值或-log10(P值)）为纵轴。每个SNP（单核苷酸多态性）或基因位点在曼哈顿图上用一个点或标记表示。通常，颜色或形状不同的点用于表示不同的染色体。

通过在曼哈顿图上显示每个SNP的关联结果，可以直观地观察基因组中与表型相关的遗传变异。在曼哈顿图上，显著性的SNP会形成突出的峰值，而无关的SNP则会呈现平坦的分布。这有助于快速识别与感兴趣表型相关的基因区域。

曼哈顿图是一种常见且直观的GWAS结果可视化方式，使研究人员能够快速识别和定位与复杂疾病或其他表型特征相关的基因变异。

 

实例：

 怎么看：

1. 纵轴：每一个SNP的P值，范围0-1，越小越好。一般会对P值取负对数，使P越小的点位置越高，远离整体，更一目了然。

   横轴：SNP所在染色体，1-22号。不同文章中会设置不同的颜色。

   水平线：P值阈值线，一般表示显著性水平阈值，方便直观了解每个点的显著性水平。下图中最上一条为P<10^-8，下面一条为P<10^-6（无P<10^-8时，退而求其次看P<10^-6）。

2. 一句话：就是哪条线最高，说明在这条染色体上，影响表型的SNP越多

当观察曼哈顿图时，你可以注意以下几点：

• 寻找突出的峰值：注意那些在纵轴上较高的突出峰值，它们表示与表型相关的显著SNP。
• 定位感兴趣的基因区域：根据染色体位置，可以确定与感兴趣表型相关的基因区域。这些区域可能包含一些潜在的候选基因。
• 比较不同的实验组：如果你有多个实验组的曼哈顿图，可以比较它们之间的差异，观察是否存在共享的关联区域或特定组别的关联模式。