随笔分类 -  生物学 / 基因组

画qq图和曼哈顿图
摘要：https://www.youtube.com/watch?v=BKpZpA8WfcQ&list=PLaZuFfQk5gXPuXNA00R_uEfD422lmkSnr&index=6 用的GEWAS中example中的数据 一、 qqman install.packages("qqman") lib 阅读全文
posted @ 2023-06-24 00:06 黑逍逍 阅读(241) 评论(0) 推荐(0)
GEMMA安装和使用
摘要：ttps://www.jianshu.com/p/d31404620c9b https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases Gemma是一个用于基因组关联分析（GWAS）的统计软件。Gemma（Genome-wide Efficient M 阅读全文
posted @ 2023-06-23 22:07 黑逍逍 阅读(1920) 评论(0) 推荐(0)
QQplot
摘要：在GWAS（基因组关联研究）中，QQ plot（Quantile-Quantile plot，分位数-分位数图）是一种常用的统计图形，用于评估GWAS结果中的关联统计量是否偏离了预期的分布。 x轴：预期的P值分布的分位数。通常是以负对数刻度表示（-log10(P)）。在QQ图上，x轴的数值范围从较小 阅读全文
posted @ 2023-06-23 21:19 黑逍逍 阅读(2297) 评论(0) 推荐(0)
GWA in PLINK
摘要：https://www.youtube.com/watch?v=7QMSZx3io-Q 阅读全文
posted @ 2023-06-23 15:19 黑逍逍 阅读(29) 评论(0) 推荐(0)
SNP
摘要：核苷酸： 核苷酸是构成核酸（DNA和RNA）的基本组成单位。它是由三个组成部分组成：一个含氮碱基、一个五碳糖（核糖或脱氧核糖）和一个磷酸基团。 在DNA中，四种碱基包括腺嘌呤（adenine，简称A）、鸟嘌呤（guanine，简称G）、胸腺嘧啶（thymine，简称T）和胞嘧啶（cytosine，简 阅读全文
posted @ 2023-06-23 00:00 黑逍逍 阅读(503) 评论(0) 推荐(0)
GWAS数据库
摘要：NHGRI-EBI GWAS数据库: https://www.ebi.ac.uk/gwas/ 描述：由美国国家人类基因组研究所（NHGRI）和欧洲生物信息研究所（EBI）合作建立的GWAS数据库，提供了公开可访问的GWAS关联结果和相关信息。 GRASP: http://grasp.nhlbi.ni 阅读全文
posted @ 2023-06-22 23:15 黑逍逍 阅读(2294) 评论(0) 推荐(0)
曼哈顿图
摘要：纽约曼哈顿： 曼哈顿图： 曼哈顿图（Manhattan plot）是一种常用于基因组关联分析（GWAS）结果可视化的图表形式。它得名于其类似曼哈顿市天际线的形状。 曼哈顿图以染色体上的位置为横轴，统计显著性（通常是负对数P值或-log10(P值)）为纵轴。每个SNP（单核苷酸多态性）或基因位点在曼哈 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:55 黑逍逍 阅读(1067) 评论(0) 推荐(0)
GLM/MLM/CMLM
摘要：GLM（Generalized Linear Model）、MLM（Mixed Linear Model）和CMLM（Compressed Mixed Linear Model）都是统计模型，常用于基因组关联分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）中。 GLM（G 阅读全文
posted @ 2023-06-20 23:49 黑逍逍 阅读(1764) 评论(0) 推荐(0)
这是啥
摘要：GWAS（Genome-Wide Association Study) 全基因组关联分析 https://www.cnblogs.com/leezx/p/9013615.html https://www.youtube.com/watch?v=LGevar2v_3c 作用： 虽然大多数的SNP是中性 阅读全文
posted @ 2023-06-19 23:12 黑逍逍 阅读(95) 评论(0) 推荐(0)