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首先解释一下什么叫“按域去除重复行”： 有的时候我们需要去除的重复行并不是整行都重复，两行的其中一列的元素相同我们有的时候就需要认定这两行重复，因此有了今天的内容。 去除重复行shell有一个原生命令但是不太好使应为这个命令找的重复行是上下文的重复行，也就是说需要提前排序，这样就增加了不必要的麻烦， 阅读全文
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From Cindy Haynes, Department of Horticulture As a horticulturist, it is important that I use the right terms the right way (at least most of the time 阅读全文
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第一，通过ctrl+art+F1(1-6),启动本地终端 切换到了字符界面tty1 第二，查询进程，ps -e |grep tty7 得到tty7的pid号 第三，杀死tty7的进程 ， kill 9 pid 这样就回到了，登陆界面，输入用户名的密码就回到了正常的图形界面。 转载自简书http:// 阅读全文
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有些简单的文本处理不需要写程序，利用awk和sed就可以很好的完成。 今天记录一下在已有文件中增加一列的方法 这里 -i 是写入原文件，而&用来决定行首还是行尾 在使用$传参的时候不能用单引号要用双信号。 阅读全文
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awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile 阅读全文
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这是一个“”数据大发现”的时代，大家都在创造数据，使用数据以及分享数据，首先一步我们就需要从数据库download我们需要的数据。 Ftp是一种常见的在线数据库，今天介绍一种可以批量下载文件夹的方法，也是shell中常常用到的wget命令： 这是完整的参数，可以按需使用。 这里介绍一个例子，我们想要 阅读全文
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shuf命令可以随机提取一个文本文件的不同行，输出到文件或者标准输出中。 例如：提取一个input.txt中的随机20行 阅读全文
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wc是一个非常方便的文本处理命令，有两个功能： 统计文件的行数 统计文件的字符数 那么就有三个参数： 默认输出是Tab键隔开的三行输出，所以说很方便传到下一个语句中进一步处理： 阅读全文
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在生信分析中有许多时候我们需要用到除法，在经历无数次break out 之后我终于发现原来python 2.x中只有整除，而没有浮点除法，这就是没有基础的弊病。 那么如何在python 2.x中运用除法呢？ 我们可以通过加载模块来实现浮点除法运算。 在代码最前面声明这个加载来实现浮点运算功能。 阅读全文
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生信数据文件一般是按列分开的，如果我们只想简单的提取一列而不是费尽周折写个程序提取哪一列的话，awk作为一个非常好用的文档处理工具，我们现在来简单看一下他的一些功能： 这里' '中是要输出的表达式，$1代表第一列，Input.txt是输入文件。 提取前两列。 提取之后的文件就可以用sort等命令进行 阅读全文