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2024年7月24日
【shell】变量运算
摘要: 变量与数字的运算 算术运算符指的是可以在程序中实现加、减、乘、除等数学运算的运算符。 Shell中常用的数学运算符如下所示。 — +:对两个变量做加法。 — -:对两个变量做减法。 — *:对两个变量做乘法。 — /:对两个变量做除法。 — **:对两个变量做幂运算。 — %:取模运算,第一个变量除
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posted @ 2024-07-24 17:43 xjce
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2024年5月9日
【shell】使用 wget 下载 GEO 数据
摘要: 浏览器输入以下链接,可以把最后的 GSE编号,换成你要下载的 GSE编号 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE182824 找到要下载的链接 右键复制链接,得到 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/seri
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posted @ 2024-05-09 16:56 xjce
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2024年2月22日
【SRA】public数据的处理
摘要: public数据下载通过ascp可以达到令人满意的速度,但有时下载的SRA大文件进行拆包和压缩甚至要比下载的时间更长,这很令人恼火。 最简单的办法,在有fq.gz文件的情况下直接下载fq.gz文件,我一般用ENA的ascp链接下载,存在SRA的情况下一般都会有fq.gz的链接。 如果已经下载了SRA
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posted @ 2024-02-22 17:22 xjce
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2023年12月9日
【shell】conda环境的迁移
摘要: mamba create -n env_name --clone /public/home/name/software/miniconda3/envs/env_name,亲测可用,安全无痛
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posted @ 2023-12-09 14:33 xjce
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2023年12月1日
【R】Rscript中使用变量控制输入输出的文件名
摘要: 在R输入输出控制中不可避免地将变量引入输出文件名中,这种输出的文件名在Rscript中应该如何加入变量? library(ggplot2) library(dplyr) library(tidyr) for (i in 10:21){ file <- paste("result_", i, sep=
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posted @ 2023-12-01 14:41 xjce
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2023年10月13日
【awk】两文件处理
摘要: 实际工作中经常会遇到两个文件中特定列比较的问题,以下是网上查到两文件比较的代码,包括交集、并集和差集。 交集 awk 'NR==FNR{A[$0];next} ($0 in A)' a.txt b.txt 此处A代表前一个文件,前一个$0指的是a.txt中的数据,后一个则指的是b.txt中的数据。
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posted @ 2023-10-13 09:09 xjce
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2023年8月31日
【R】R柱状图自定义y轴起点
摘要: 在做柱状图时有时会有y轴不从0开始的情况,此时如果选择加参数ylim()或者scale_y_continue()来调整值域会导致所有柱子都消失。 为避免这种情况,参考ggplot2作图设置坐标轴的起始位置 - 简书 (jianshu.com)一文的方法可以使用 coord_cartesian(yli
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posted @ 2023-08-31 11:51 xjce
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2023年8月22日
【shell 】判断文件夹或文件是否存在
摘要: 文件夹不存在则创建 if [ ! -d "/data/" ];then mkdir /data else echo "文件夹已经存在" fi 文件存在则删除 if [ ! -f "/data/filename" ];then echo "文件不存在" else rm -f /data/filenam
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posted @ 2023-08-22 15:59 xjce
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2023年8月21日
【shell】bed文件处理
摘要: 1,第一列按照染色体编号进行排序 2, 第二列和第三列按照数字序进行排序。使用-n sort -k1,1V -k2,2n -k3,3n target_interval.bed > sort.bed其中-k选项是指定第几列。
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posted @ 2023-08-21 16:36 xjce
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2023年5月14日
【shell】变量累加
摘要: #!/bin/bash count=0 #每次累加1 count=$((${count} + 1)) 实在太经典了忍不住记下来,非常有用。
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posted @ 2023-05-14 22:56 xjce
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