【日志文件的生成】生信分析流程中日志文件的生成

在生信分析的日常操作中，脚本中通常都会进行并行计算，那么屏幕上的信息就会乱的无从下手，无法获取我们需要的信息，因此并行计算的每一个计算单元都需要有对应的文件来记录程序运行的情况。

在shell脚本中常见的有这三种程序：shell，java和可执行程序。

首先对于shell和java程序，我发现可以用 '2>&1' 来解决这个问题，具体如下：

echo "#2.Dumpping Completed. Then start alignment & sort & mark duplication " 2>&1 | tee -a MakeBamfile_${id}.log 

java -jar ${picard} SortSam I=${id}.sam O=${id}.bam VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT CREATE_INDEX=true SORT_ORDER=coordinate 2>&1 | tee -a MakeBamfile_${id}.log

　　“2>&1” 是重定向到标准输出，然后把结果tee到目标文件，而-a这个参数就是 >> 追加的意思。

这个方法对于可执行程序来说写上就会报错，因此在写脚本的时候需要注意。