【python】combinations函数遍历列表内元素不同组合
在参数调优的过程中,不同个体数的样本组合需要计算,但是一个一个用for来穷尽组合的可能显得太过笨拙,查到可以用itertools中的combinations模块来处理类似的问题:
from itertools import combinations from sys import argv import os lst=[] with open(argv[1], "r") as fi: for lines in fi.readlines(): line = lines.strip("\n") lst.append(line) for j in range(9): comlst = list(set(combinations(lst,j))) for i in comlst: filename = "allcombine_"+str(j)+"_combine_"+str(comlst.index(i))+"_.bed" for k in i: print(k) os.system('cat {} >> tmp/{}'.format(k,filename)) os.system('bedtools sort -i tmp/{} > tmp/{}.sorted'.format(filename,filename)) os.system('bedtools merge -i tmp/{}.sorted > result/{}.sorted.merged'.format(filename,filename)) os.system('rm tmp/{}'.format(filename)) fi.close()
combinations输出的结果是一个{}限定起来的组合,不能直接当列表用会报错。