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摘要：这是一个“”数据大发现”的时代，大家都在创造数据，使用数据以及分享数据，首先一步我们就需要从数据库download我们需要的数据。 Ftp是一种常见的在线数据库，今天介绍一种可以批量下载文件夹的方法，也是shell中常常用到的wget命令： 这是完整的参数，可以按需使用。 这里介绍一个例子，我们想要 阅读全文

摘要：shuf命令可以随机提取一个文本文件的不同行，输出到文件或者标准输出中。 例如：提取一个input.txt中的随机20行 阅读全文

摘要：wc是一个非常方便的文本处理命令，有两个功能： 统计文件的行数 统计文件的字符数 那么就有三个参数： 默认输出是Tab键隔开的三行输出，所以说很方便传到下一个语句中进一步处理： 阅读全文

摘要：在生信分析中有许多时候我们需要用到除法，在经历无数次break out 之后我终于发现原来python 2.x中只有整除，而没有浮点除法，这就是没有基础的弊病。 那么如何在python 2.x中运用除法呢？ 我们可以通过加载模块来实现浮点除法运算。 在代码最前面声明这个加载来实现浮点运算功能。 阅读全文

摘要：生信数据文件一般是按列分开的，如果我们只想简单的提取一列而不是费尽周折写个程序提取哪一列的话，awk作为一个非常好用的文档处理工具，我们现在来简单看一下他的一些功能： 这里' '中是要输出的表达式，$1代表第一列，Input.txt是输入文件。 提取前两列。 提取之后的文件就可以用sort等命令进行 阅读全文

摘要：在生信分析的日常操作中，脚本中通常都会进行并行计算，那么屏幕上的信息就会乱的无从下手，无法获取我们需要的信息，因此并行计算的每一个计算单元都需要有对应的文件来记录程序运行的情况。 在shell脚本中常见的有这三种程序：shell，java和可执行程序。 首先对于shell和java程序，我发现可以用 阅读全文

摘要：今天写了一个两个基因集找相同的基因然后输出这么个小程序就无论如何也跑不起来，原因出在循环嵌套上，这方面之前就出过问题，后来阴差阳错的就好了我也没太注意，但是最近这个问题严重制约了工作效率，我决心找到问题的所在。 这是今天可以跑的版本，我之前的错误在于把文件循环嵌套在了列表循环中，因为文件相对小一点， 阅读全文