就我所在学校——河北工业大学来说是基本没区别。计算机科学与技术是一门比较老的学科，存在时间比较长，而软件工程则是新兴的学科。因为在大一至大二上半年我们并没有分开来上课，大家上的都是相同的学科，在大二下半学期开始分专业，分为软件工程、网络工程与计算机科学与技三个专业，但是这三个专业上的基础课都是相同的，就算是专业课的差别都不很大，专业之间就差了一两门。这就造成我学院的学生在毕业找工作的时候不会按照专业来找相关，都是根据公司来看适合不适合。其实计算机科学与技术这个就比较牛了，都被称为科学与技术了，能被称为科学的都是那些已经被证实的真理，都是绝对的，而且在教授课的时候更偏重在理论方面；但是软件工程就不那么靠谱，现在所用的都是前人在探索实践得来的经验总结，更通俗的说更像是一种习惯，都认为这个习惯好，那好就推出去，让大家都来按照这个习惯来做，一旦发现这个习惯不太适应了，就改改，在不断的摸索中前进的逐渐适应时代的发展。
软件工程是一门研究用工程化方法构建和维护有效的、实用的和高质量的软件的学科。它涉及程序设计语言、数据库、软件开发工具、系统平台、标准、设计模式等方面。
计算机科学，研究计算机及其周围各种现象和规律的科学，是一门包含各种各样与计算和信息处理相关主题的系统学科，从抽象的算法分析、形式化语法等等，到更具体的主题如编程语言、程序设计、软件和硬件等。以上两部分内容参考百度百科。