摘要：
之前写的一个小工具，写的很简陋，名字取的也很随意就叫skr，哈哈。主要是fq转fa、合并多个染色体的vcf文件等，功能不多（主要是C写起来太操蛋了T_T），通常我也只用来统计fastq文件信息： 这里给出工具地址：https://github.com/sharkLoc/skrTools 安装： gi 阅读全文
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最近在学习snakemake 用于生信流程管理，现在用一个snakemake 来完成小任务：将在某一文件夹下的多个bam文件截取一部分，然后建立索引，在提取出fastq序列，最后比对回基因组。 需要两个文件，一个配置文件config.yaml和snakemake文件。 config.yaml 文件内 阅读全文
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基本思路是，将key对应的value设置为list，将对应的值append进去。 示例： f=open("a1.txt") ha={} for i in f: i=i.strip().split() print(i[0],i[1]) for k in i[1:]: ha.setdefault(i[0 阅读全文
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vim编辑shell脚本自动插入文件头部信息，将下面的代码写入home目录xia .vimrc 文件即可。 shell 文件头： 1 autocmd BufNewFile *.sh exec ":call Setcomment()" 2 func Setcomment() 3 call append 阅读全文
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Jvarkit : Java utilities for Bioinformatics ：一个java写的生物信息工具包：http://lindenb.github.io/jvarkit/ 阅读全文
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github地址：https://github.com/agordon/datamash 阅读全文
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linux 下fasta序列按碱基显色 1 use strict; 2 use warnings; 3 4 my $black = "\033[0;30m"; 5 my $dary_gray = "\033[1;30m"; 6 my $light_gray = "\033[0;37m"; 7 my 阅读全文
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地址： https://github.com/jespermaag/gganatogram 阅读全文
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切片ik通过索引访问，然后为每个map分配内存； 切片jk通过获得切片内每个元素的拷贝来分配内存，并未成功为切片内每个map分配内存，使用时赋值也就失败了 1 package main 2 3 import fmt 4 5 func main(){ 6 ik := make([]map[int]in 阅读全文
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GATK4 检测的SNP标记，有些位点会在检测过程中完成 phasing，在后续做基因型填充的时候有坑。 GATK4 phasing 结果的缺失位点不是 ./. 也不是 .|. 而是直接变成一个单独的点；下图黄线标记出来的部分，上面是原始结果，下面是修改后结果。 基于此后续做 phasing 才能顺 阅读全文