摘要：
今天来学习下R中字符串处理操作，主要是stringr包中的字符串处理函数的用法。先导入stringr包，library(stringr)，require(stringr),或者stringr::函数名；这几种方式都行。一、检测是否匹配我们先定义一个字符串和变量，在此基础上演示各个函数基本用法。 1 library(stringr) 2 animal<-c("cow","dog","sheep"... 阅读全文
摘要：
这里记录两种perl数组去重的办法，一种利用哈希（hash），一种直接利用perl自带的模块List::MoreUtils内部的函数uniq。一、利用hash去重示例代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 my @list=qw /1 2 3 2 1 4 aa a bb c b bb d/; 5 foreach (@list){pri... 阅读全文
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在linxu平台下少不了对变量名的处理，今天记录下shell中 ##%% 对变量名的操作。 #操作左侧，%操作右侧。 #号处理方式： 对于单个#，处理对象为变量中指定的第一个符号左侧字符串， 对于两个##，处理对象为变量中指定的最后一个符号左侧字符串。 %号处理方式： 对于单个%，操作对象是变量中指 阅读全文
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做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法，软件版本：bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件，准备要保留的个体名文件 keep.list 阅读全文
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今天有个统计需求，需要对应的元素的列求和，文件示例如下： 1 ID1 0 2 7 2 ID2 1 5 6 3 ID3 2 2 6 4 ID4 1 6 0 5 ID2 3 8 3 6 ID2 0 8 3 7 ID4 2 2 9 8 ID2 3 7 7 9 ID1 1 5 3 10 ID2 2 3 7 阅读全文
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有个瑕疵，某一块儿比例过小时，文字会重叠。 1 def pizza(data,labs,title): 2 import matplotlib 3 import matplotlib.pyplot as plt 4 cols=[col for col in matplotlib.colors.TAB 阅读全文
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图例： 1 theme(legend.title =element_blank()) 2 guides(fill = guide_legend(title = NULL)) # 去掉图例title 3 guides(fill = guide_legend(title = NULL,keywidth 阅读全文
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查了下资料，常见两种办法，一是设置行号，再者是利用python自带的itertools工具。 这里推荐一种新的方法，直接使用readline()函数就搞定。 示例： 创建一个文本文件，内容如下： 1 第1行 ID1 2 第2行 ID2 3 第3行 ID3 4 第4行 ID4 5 第5行 ID5 6 阅读全文
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做数据比较的时候，由于同一个样本测序数据量不一致，需要抽取数据，控制数据量基本一致。 自己写脚本速度较慢，后面发现一个不错的工具：seqtk 原始数据抽取 如果只控制原始数据量一致，过滤低质量数据后直接使用seqtk (Version: 1.3-r106) 的子模块seq， 配合参数 -s 设定随机 阅读全文
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一、安装 我的数据库安装的是win版本，安装python后，直接命令行： 1 pip install mycli 即可。 二、使用 进入命令行后输入： 1 mycli -u root -p 888888 效果见下图 阅读全文