天使不设防

摘要： 做群体变异检测后，通常会有提取子集的操作，之前没有发现bcftools有这个功能，都是自己写脚本操作，数据量一上来，速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法，软件版本：bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件，准备要保留的个体名文件 keep.list 阅读全文

摘要： 今天有个统计需求，需要对应的元素的列求和，文件示例如下： 1 ID1 0 2 7 2 ID2 1 5 6 3 ID3 2 2 6 4 ID4 1 6 0 5 ID2 3 8 3 6 ID2 0 8 3 7 ID4 2 2 9 8 ID2 3 7 7 9 ID1 1 5 3 10 ID2 2 3 7 阅读全文

摘要： 有个瑕疵，某一块儿比例过小时，文字会重叠。 1 def pizza(data,labs,title): 2 import matplotlib 3 import matplotlib.pyplot as plt 4 cols=[col for col in matplotlib.colors.TAB 阅读全文

摘要： 图例： 1 theme(legend.title =element_blank()) 2 guides(fill = guide_legend(title = NULL)) # 去掉图例title 3 guides(fill = guide_legend(title = NULL,keywidth 阅读全文

摘要： 查了下资料，常见两种办法，一是设置行号，再者是利用python自带的itertools工具。 这里推荐一种新的方法，直接使用readline()函数就搞定。 示例： 创建一个文本文件，内容如下： 1 第1行 ID1 2 第2行 ID2 3 第3行 ID3 4 第4行 ID4 5 第5行 ID5 6 阅读全文

摘要： 做数据比较的时候，由于同一个样本测序数据量不一致，需要抽取数据，控制数据量基本一致。 自己写脚本速度较慢，后面发现一个不错的工具：seqtk 原始数据抽取 如果只控制原始数据量一致，过滤低质量数据后直接使用seqtk (Version: 1.3-r106) 的子模块seq， 配合参数 -s 设定随机 阅读全文

摘要： 一、安装 我的数据库安装的是win版本，安装python后，直接命令行： 1 pip install mycli 即可。 二、使用 进入命令行后输入： 1 mycli -u root -p 888888 效果见下图 阅读全文

摘要： 今天在用R作图的时候发现配色不好看，在网上找到两个不错的取色网站，各有特色，推荐给有需要的人。 http://link.fobshanghai.com/rgbcolor.htm https://colorhunt.co/ http://www.peise.net/tools/web/ 阅读全文

摘要： 这里提供一个转置矩阵的perl脚本，R语言中的t()函数同样也能实现转置 1 use strict; 2 3 open A,"$ARGV[0]"; 4 5 my %ha; 6 my $head=<A>; 7 chomp($head); 8 my @tag=split /\s+/,$head; 9 1 阅读全文

摘要： 直接使用os模块的popen打开 import sys import os a=os.popen('/Soft/samtools-1.2/samtools flags '+sys.argv[1] ,'r') print(a.read()) 阅读全文