摘要：
跳过空行： next if /^\s*$/; 变量内插： my $x = 1; my $y = 2; print "$x + $y = @{[ $x + $y ]}" 根据值对数组下标排序： my $max_ele_index = (sort {$data[$b] <=> $data[$a]} 0. 阅读全文
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工具： B站视频下载工具：https://github.com/leiurayer/downkyi OBS录屏工具：https://obsproject.com/zh-cn window 系统激活工具：https://github.com/massgravel/Microsoft-Activatio 阅读全文
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紧接前文，各个样本序列组装完毕后，下一步自然是想要弄清楚组装出来的序列中到底是些啥子东西嘛。基因预测方法和工具见这篇推文。 注释工具 常见原核生物基因注释包括 prokka、Prodigal、GeneMark等工具。 这里使用Prodigal对组装的基因组序列进行基因预测： Prodigal软件参数 阅读全文
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紧接上文, 质控去除宿主（土壤样本不需要去宿主）后下一步对样本序列进行组装。 1、组装工具 宏基因组学中常用序列组装工具不少，如SOAPdenovo2、megagit，spades、metaSPAdes、MOCAT2、IDBA-UD等各有优劣，下面两个软件是分析过程中比较常用的。 spades：ht 阅读全文
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1、测序数据 数据来源于密歇根大学的一项研究，数据项目号为PRJNA389927。这个研究项目的包括正常、癌前病变和癌症病人样本共181例。项目对应的github地址：https://github.com/SchlossLab/Hannigan_CRCVirome_mBio_2018 ，也可以直接去 阅读全文
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一个比fastANI更快更准确的工具 paper：Fast and robust metagenomic sequence comparison through sparse chaining with skani | Nature Methods git：bluenote-1577/skani: 阅读全文
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一、 软件安装： conda search 仓库是有结果的，安装却死活安装不上，直接pip安装成功了，用的清华的源，执行完pip install humann 等了近20min才显示安装完成。 输入humann出现如下信息表示安装成功，接下来安装相应数据库文件。 usage: humann [-h] 阅读全文
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usage： 脚本就不注释了，会perl的都看得懂；测试了下，速度感人OTZ，淦！ #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Cwd qw/getcwd/; use Getopt::Long; use Net::FTP; use featur 阅读全文
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perl 模块Getopt::Long使用示例 use strict; use warnings; use Getopt::Long; my @ARGV2 = @ARGV; my $leng =10; my $data ="x.txt"; my $verb; my $help; die("error 阅读全文
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书接上回,在上一篇博客中完成了数据的降维分析，这里在降维后的基础上继续进行聚类分析，使用前2个PC进行KMeans据类并可视化。 from sklearn.cluster import KMeans from collections import Counter # 语言定义颜色和画布 colors 阅读全文
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数据来源: 从这篇博客中借用下，百度云网页端居然可以直接下载文件了，稀奇 数据已经分享在百度云：客户年消费数据 密码：lehv 该份数据中包含客户id和客户6种商品的年消费额，共有440个样本 分析过程： 用python和R做个简单的PCA分析，顺便比较下结果是不是一致 numpy计算结果： imp 阅读全文
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一个用于处理fastq测序文件的命令行小工具，功能还在不断更新中，子命令也不多，支持gzip压缩文件的输入和输出（结果文件名以.gz结尾，结果会自动压缩）。 reop: https://github.com/sharkLoc/fqkit install: cargo install fqkit us 阅读全文