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bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集

天使不设防 2019-11-27 21:24 阅读:20471 评论:6 推荐:2 编辑

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1. Re:利用plink软件基于LD信息过滤SNP
@在生信里挖啊挖很久不做这一块儿了，看上面的解释，是的，R方越小丢弃位点越多...
--天使不设防
2. Re:利用plink软件基于LD信息过滤SNP
请问--indep-pairwise 500 50 0.5会比--indep-pairwise 500 50 0.2保留更多的位点吗？生成的Vcf文件是不是更大一些？
--在生信里挖啊挖
3. Re:bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集
bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf ,这个命令提取子集不是很好，因为会把全miss的位点都提取出来，应该加一个筛选过滤条件，比如maf等...
--双皮奶蛋黄
4. Re:bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集
@我看这头发还剩多少肯定不能乱啊，他是直接按照你的给的位点list来提取的，所以你给的位点list要是按照顺序排列的，你后面提取出来的vcf文件也是按照正常顺序的，所以你先按照sort -k1,1n...
--双皮奶蛋黄
5. Re:checking whether the C++ compiler supports the long long type... no
@生信好难注释掉 .bashrc 文件里面conda的环境变量，eg： export PATH=/home/user/work/biotools/conda/miniconda3/bin:$PATH...
--天使不设防