摘要：
紧接前文，各个样本序列组装完毕后，下一步自然是想要弄清楚组装出来的序列中到底是些啥子东西嘛。基因预测方法和工具见这篇推文。 注释工具 常见原核生物基因注释包括 prokka、Prodigal、GeneMark等工具。 这里使用Prodigal对组装的基因组序列进行基因预测： Prodigal软件参数 阅读全文
摘要：
紧接上文, 质控去除宿主（土壤样本不需要去宿主）后下一步对样本序列进行组装。 1、组装工具 宏基因组学中常用序列组装工具不少，如SOAPdenovo2、megagit，spades、metaSPAdes、MOCAT2、IDBA-UD等各有优劣，下面两个软件是分析过程中比较常用的。 spades：ht 阅读全文