08 2024 档案

摘要:紧接前文,各个样本序列组装完毕后,下一步自然是想要弄清楚组装出来的序列中到底是些啥子东西嘛。基因预测方法和工具见这篇推文。 注释工具 常见原核生物基因注释包括 prokka、Prodigal、GeneMark等工具。 这里使用Prodigal对组装的基因组序列进行基因预测: Prodigal软件参数 阅读全文
posted @ 2024-08-12 16:20 天使不设防 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:紧接上文, 质控去除宿主(土壤样本不需要去宿主)后下一步对样本序列进行组装。 1、组装工具 宏基因组学中常用序列组装工具不少,如SOAPdenovo2、megagit,spades、metaSPAdes、MOCAT2、IDBA-UD等各有优劣,下面两个软件是分析过程中比较常用的。 spades:ht 阅读全文
posted @ 2024-08-12 15:31 天使不设防 阅读(99) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:1、测序数据 数据来源于密歇根大学的一项研究,数据项目号为PRJNA389927。这个研究项目的包括正常、癌前病变和癌症病人样本共181例。项目对应的github地址:https://github.com/SchlossLab/Hannigan_CRCVirome_mBio_2018 ,也可以直接去 阅读全文
posted @ 2024-08-09 13:52 天使不设防 阅读(208) 评论(0) 推荐(1) 编辑

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