09 2021 档案

摘要:之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈。主要是fq转fa、合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools 安装: gi 阅读全文
posted @ 2021-09-29 13:56 天使不设防 阅读(1023) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要:最近在学习snakemake 用于生信流程管理,现在用一个snakemake 来完成小任务:将在某一文件夹下的多个bam文件截取一部分,然后建立索引,在提取出fastq序列,最后比对回基因组。 需要两个文件,一个配置文件config.yaml和snakemake文件。 config.yaml 文件内 阅读全文
posted @ 2021-09-27 16:53 天使不设防 阅读(214) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:基本思路是,将key对应的value设置为list,将对应的值append进去。 示例: f=open("a1.txt") ha={} for i in f: i=i.strip().split() print(i[0],i[1]) for k in i[1:]: ha.setdefault(i[0 阅读全文
posted @ 2021-09-06 21:13 天使不设防 阅读(2183) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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