摘要：
最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017)一、格式转换首先将准备好的vcf文件转换下格式，map和ped格式： 1 plink --allow-extra-... 阅读全文
摘要：
因为最近有一项工作是比较填充准确性的，中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单： 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.s 阅读全文