HumanN3安装

一、 软件安装：

conda search 仓库是有结果的，安装却死活安装不上，直接pip安装成功了，用的清华的源，执行完pip install humann 等了近20min才显示安装完成。

 输入humann出现如下信息表示安装成功，接下来安装相应数据库文件。

usage: humann [-h] -i <input.fastq> -o <output> [--threads <1>] [--version] [-r] [--bypass-nucleotide-index] [--bypass-nucleotide-search] [--bypass-prescreen]
              [--bypass-translated-search] [--taxonomic-profile <taxonomic_profile.tsv>] [--memory-use {minimum,maximum}]
              [--input-format {fastq,fastq.gz,fasta,fasta.gz,sam,bam,blastm8,genetable,biom}] [--search-mode {uniref50,uniref90}] [-v] [--metaphlan <metaphlan>]
              [--metaphlan-options <metaphlan_options>] [--prescreen-threshold <0.01>] [--bowtie2 <bowtie2>] [--bowtie-options <bowtie_options>]
              [--nucleotide-database <nucleotide_database>] [--nucleotide-identity-threshold <0.0>] [--nucleotide-query-coverage-threshold <90.0>]
              [--nucleotide-subject-coverage-threshold <50.0>] [--diamond <diamond>] [--diamond-options <diamond_options>] [--evalue <1.0>]
              [--protein-database <protein_database>] [--rapsearch <rapsearch>] [--translated-alignment {usearch,rapsearch,diamond}]
              [--translated-identity-threshold <Automatically: 50.0 or 80.0, Custom: 0.0-100.0>] [--translated-query-coverage-threshold <90.0>]
              [--translated-subject-coverage-threshold <50.0>] [--usearch <usearch>] [--gap-fill {on,off}] [--minpath {on,off}] [--pathways {metacyc,unipathway}]
              [--pathways-database <pathways_database.tsv>] [--xipe {on,off}] [--annotation-gene-index <3>] [--id-mapping <id_mapping.tsv>] [--remove-temp-output]
              [--log-level {DEBUG,INFO,WARNING,ERROR,CRITICAL}] [--o-log <sample.log>] [--output-basename <sample_name>] [--output-format {tsv,biom}]
              [--output-max-decimals <10>] [--remove-column-description-output] [--remove-stratified-output]
humann: error: the following arguments are required: -i/--input, -o/--output

 二、数据库文件下载、安装：

安装辅助比对数据库，所有文件总和大小约 2.6 GB，下载速度很快：

humann_databases --download utility_mapping full db_humann3

安装微生物泛基因组数据，文件约16G，用 humann_databases下载很慢，直接下载数据文件然后解压：

下载：
wget -c ftp://download.nmdc.cn/tools/meta/humann3/full_chocophlan.v201901_v31.tar.gz
解压： 解压后有一万3千多小文件
tar -zxf ull_chocophlan.v201901_v31.tar.gz -C db_humann3/chocophlan

安装功能基因diamond索引，解压后大小约34G：

下载：
wget -c ftp://download.nmdc.cn/tools/meta/humann3/uniref90_annotated_v201901b_full.tar.gz
解压： 解压后有一个文件
tar -zxf uniref90_annotated_v201901b_full.tar.gz -C db_humann3/uniref

 三、数据库文件配置

输入humann_config 显示软件默认配置，辅助比对数据库文件通过软件自带命 humann_databases 下载，已经自动配置好路径，剩下的核算和蛋白索引文件路径要手动更改到自定义的存放路径。

humann_config --update database_folders nucleotide  ~/tools/db/db_humann3/chocophlan

humann_config --update database_folders protein     ~/tools/db/db_humann3/uniref

更改线程设置：

humann_config --update run_modes threads 8

至此，安装完毕