生信工具推荐之(3) perbase
Per-base per-nucleotide depth analysis
统计bam文件每个位置的测序深度、和各种碱基深度、还包括indel,支持多线程。
github:
https://github.com/sstadick/perbase.git
install:
conda install -c bioconda perbase
# OR
cargo install perbase
help:
perbase 0.9.0
Seth Stadick <sstadick@gmail.com>
Fast and correct perbase BAM/CRAM analysis.
USAGE:
perbase <SUBCOMMAND>
FLAGS:
-h, --help Prints help information
-V, --version Prints version information
SUBCOMMANDS:
base-depth Calculate the depth at each base, per-nucleotide
help Prints this message or the help of the given subcommand(s)
merge-adjacent Merge adjacent intervals that have the same depth. Input must be sorted like: `sort -k1,1
-k2,2n in.bed > in.sorted.bed`
only-depth Calculate the only the depth at each base
Example ouput:
REF POS REF_BASE DEPTH A C G T N INS DEL REF_SKIP FAIL NEAR_MAX_DEPTH
chr1 709636 T 16 0 0 0 16 0 0 0 0 0 false
chr1 709637 T 16 0 4 0 12 0 0 0 0 0 false
chr1 709638 A 16 16 0 0 0 0 0 0 0 0 false
chr1 709639 G 16 0 0 16 0 0 0 0 0 0 false
chr1 709640 A 16 16 0 0 0 0 0 0 0 0 false
chr1 709641 A 16 16 0 0 0 0 0 0 0 0 false
chr1 709642 G 16 0 0 16 0 0 0 0 0 0 false
chr1 709643 G 16 0 0 16 0 0 0 0 0 0 false
chr1 709644 T 16 0 0 0 16 0 0 0 0 0 false
chr1 709645 G 16 0 0 16 0 0 0 0 0 0 false
作者:天使不设防
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