fastq 可视化工具 visual_fq

　　很久没更新博客了，惭愧OTZ.废话不多说，交作业啦(ง •_•)ง，学了一点rust基础，写了一个可视化fastq文件的小工具。

1、安装

地址：https://github.com/sharkLoc/visual_fq ，因为是linux平台下的工具（ｗｉｎ下也是可以的嘛💪），预先安装依赖 。

Ubuntu 系统:

sudo apt install pkg-config libfreetype6-dev libfontconfig1-dev

CentOS 系统:

sudo yum install pkg-config freetype-devel fontconfig-devel

2、下载，编译

git clone https://github.com/sharkLoc/visual_fq.git
cd visual_fq
cargo b --release

3、使用

./target/release/visual_fq

[Usage information]
uncompressed fastq:
        ./target/release/visual_fq your_file.fq > out.matrix 2> summary.log

compressed fastq:
         gzip -dc your_file.fq.gz | ./target/release/visual_fq /dev/stdin > out.matrix 2> summary.log

result files:
         out.matrix  summary.log  Base_plot.png

4、结果

4.1: 运行完毕后，自动在当前目录生成碱基A T G C N在各个位置上的分布比例图。

4.2: 结果统计文件，各个位置对应质量值的碱基累计矩阵

4.3: 最后一个log文件，统计其他基信息

Total read number:      100000
Total base number:      15000000
Max read length:        150
Reads average length:   150.0
Total GC content:       36.84

5、后面抽时间把质量分布图加上，欢迎白嫖，好用的话给个小星星，有问题告诉我，就酱！