fastq文件基本信息统计工具
之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈。主要是fq转fa、合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息:
这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools
安装:
git clone https://github.com/sharkLoc/skrTools.git cd skrTools && make
usage:
Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary statistics of fastq file mergeVcf merge vcf files from list statVcf summary statistics of vcf file makewind make bed from a list file
统计fastq文件信息:
输出read的平均长度,GC含量,总read数量和总的碱基数量,当然还包括ATGC和N碱基的数量和百分比,最后就是Q20和Q30结果。
skr fqstat -i xx1.fq.gz -I xx2.fq.gz
输出文件:
Iterm reads_1.fq reads_2.fq read average length: 150 150 read GC content(%): 48.42 48.48 total read Count: 34946389 34946389 total base Count: 5241958350 5241958350 base A Count: 1352284833(25.80%) 1342903044(25.62%) base C Count: 1270459966(24.24%) 1246706604(23.78%) base G Count: 1267522866(24.18%) 1294357728(24.69%) base T Count: 1351401800(25.78%) 1357986115(25.91%) base N Count: 288885(0.01%) 4859(0.00%) Number of base calls with quality value of 20 or higher (Q20+) (%) 5113248711(97.54%) 5092440219(97.15%) Number of base calls with quality value of 30 or higher (Q30+) (%) 4886887711(93.23%) 4832524601(92.19%)
作者:天使不设防
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