问题记录：SNP 标记 phasing

GATK4 检测的SNP标记，有些位点会在检测过程中完成 phasing，在后续做基因型填充的时候有坑。

GATK4 phasing 结果的缺失位点不是 ./. 也不是 .|.  而是直接变成一个单独的点；下图黄线标记出来的部分，上面是原始结果，下面是修改后结果。

基于此后续做 phasing 才能顺利进行。 

 最后附上处理脚本：

use strict;
open A,"gzip -dc $ARGV[0]|";
open U,"| gzip > $ARGV[1].gz";
while(<A>){
    chomp;
    if(/^#/){
        print U "$_\n";
    }
    else{
        my @line=split;
        for(my $i=9;$i<@line;$i++){
            my ($geno,$tail)=(split /:/,$line[$i],2)[0,1];
            if($geno eq "."){
                $line[$i]="./.:".$tail;
            }
        }
        my $o1=join "\t",@line[0..8];
        my $o2=join "\t",@line[9..$#line];
        print U "$o1\t$o2\n";
    }
}
close A;
close U;