R语言因子排序

画图的时候，排序是个很重要的技巧,比如有时候会看下基因组每条染色体上的SNP的标记数量，这个时候直接做条形图是一种比较直观的方法，下面我们结合实际例子来看下：

在R环境下之际构建一个数据框，一列染色体名称，一列统计数据。

chr<-paste("chr",c(1:18,"X","Y"),sep="")
set.seed(2)
num<-runif(20,100,5000)
df<-data.frame(chr=chr,num=num)
df

内容如下：

一、barplot()

我们直接用基础绘图函数barplot()画图，染色体顺序是不会变化的：

barplot(t(as.matrix(df$num)),col="cyan",border = NA,names.arg = df$chr)

二、ggplot2

如果用ggplot2画图，染色体顺序就不是我们想要的了：

library(ggplot2)
ggplot(df,aes(y=num,x=chr,fill=chr))+geom_bar(stat = 'identity')

我们可以利用factor进行因子排序，将顺序调整成我们需要的样子：

ggplot(df,aes(y=num,x=factor(chr,levels=(chr)),fill=chr))+
  geom_bar(stat = 'identity')

或者其他形式，这里我把X，Y染色体提前：

ggplot(df,aes(y=num,fill=chr,
              x=factor(chr,levels=(paste("chr",c("X","Y",1:18),sep="")))))+
  geom_bar(stat = 'identity')

后续继续做其他调整，如图例顺序调整。