摘要: 跳过空行: next if /^\s*/;myx = 1; my y=2;print"x + y=@[$x+$y]"mymax_ele_index = (sort {data[b] <=> data[a]} 0. 阅读全文
posted @ 2023-02-15 14:20 天使不设防 阅读(44) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 工具: B站视频下载工具:https://github.com/leiurayer/downkyi OBS录屏工具:https://obsproject.com/zh-cn window 系统激活工具:https://github.com/massgravel/Microsoft-Activatio 阅读全文
posted @ 2023-02-01 09:13 天使不设防 阅读(113) 评论(0) 推荐(0) 编辑
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2022-07-12 21:06 天使不设防 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 安装rstudio server后,配置完成,其他组内用户都可登录,唯独我自己账号失败,找了好久原因。 查看日志文件:/var/log/rstudio/rstudio-server/rserver.log 根据关键信息搜索得知,rstudio server默认不允许用户id小于1000的系统账号登录 阅读全文
posted @ 2025-01-15 09:00 天使不设防 阅读(41) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: python3 configure参数: ./configure --prefix=/yourpath/python-3.10.12/ \ --enable-loadable-sqlite-extensions \ --enable-optimizations make -j16 make inst 阅读全文
posted @ 2024-12-12 14:07 天使不设防 阅读(8) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 紧接前文,各个样本序列组装完毕后,下一步自然是想要弄清楚组装出来的序列中到底是些啥子东西嘛。基因预测方法和工具见这篇推文。 注释工具 常见原核生物基因注释包括 prokka、Prodigal、GeneMark等工具。 这里使用Prodigal对组装的基因组序列进行基因预测: Prodigal软件参数 阅读全文
posted @ 2024-08-12 16:20 天使不设防 阅读(107) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 紧接上文, 质控去除宿主(土壤样本不需要去宿主)后下一步对样本序列进行组装。 1、组装工具 宏基因组学中常用序列组装工具不少,如SOAPdenovo2、megagit,spades、metaSPAdes、MOCAT2、IDBA-UD等各有优劣,下面两个软件是分析过程中比较常用的。 spades:ht 阅读全文
posted @ 2024-08-12 15:31 天使不设防 阅读(99) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1、测序数据 数据来源于密歇根大学的一项研究,数据项目号为PRJNA389927。这个研究项目的包括正常、癌前病变和癌症病人样本共181例。项目对应的github地址:https://github.com/SchlossLab/Hannigan_CRCVirome_mBio_2018 ,也可以直接去 阅读全文
posted @ 2024-08-09 13:52 天使不设防 阅读(208) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 一个比fastANI更快更准确的工具 paper:Fast and robust metagenomic sequence comparison through sparse chaining with skani | Nature Methods git:bluenote-1577/skani: 阅读全文
posted @ 2024-01-18 10:06 天使不设防 阅读(22) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、 软件安装: conda search 仓库是有结果的,安装却死活安装不上,直接pip安装成功了,用的清华的源,执行完pip install humann 等了近20min才显示安装完成。 输入humann出现如下信息表示安装成功,接下来安装相应数据库文件。 usage: humann [-h] 阅读全文
posted @ 2024-01-11 16:24 天使不设防 阅读(499) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: usage: 脚本就不注释了,会perl的都看得懂;测试了下,速度感人OTZ,淦! #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Cwd qw/getcwd/; use Getopt::Long; use Net::FTP; use featur 阅读全文
posted @ 2023-11-01 15:02 天使不设防 阅读(85) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: perl 模块Getopt::Long使用示例 use strict; use warnings; use Getopt::Long; my @ARGV2 = @ARGV; my leng=10;mydata ="x.txt"; my verb;myhelp; die("error 阅读全文
posted @ 2023-10-26 14:04 天使不设防 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 书接上回,在上一篇博客中完成了数据的降维分析,这里在降维后的基础上继续进行聚类分析,使用前2个PC进行KMeans据类并可视化。 from sklearn.cluster import KMeans from collections import Counter # 语言定义颜色和画布 colors 阅读全文
posted @ 2023-10-19 21:10 天使不设防 阅读(52) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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