摘要:
工具: B站视频下载工具:https://github.com/leiurayer/downkyi OBS录屏工具:https://obsproject.com/zh-cn window 系统激活工具:https://github.com/massgravel/Microsoft-Activatio 阅读全文
摘要:
安装rstudio server后,配置完成,其他组内用户都可登录,唯独我自己账号失败,找了好久原因。 查看日志文件:/var/log/rstudio/rstudio-server/rserver.log 根据关键信息搜索得知,rstudio server默认不允许用户id小于1000的系统账号登录 阅读全文
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python3 configure参数: ./configure --prefix=/yourpath/python-3.10.12/ \ --enable-loadable-sqlite-extensions \ --enable-optimizations make -j16 make inst 阅读全文
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紧接前文,各个样本序列组装完毕后,下一步自然是想要弄清楚组装出来的序列中到底是些啥子东西嘛。基因预测方法和工具见这篇推文。 注释工具 常见原核生物基因注释包括 prokka、Prodigal、GeneMark等工具。 这里使用Prodigal对组装的基因组序列进行基因预测: Prodigal软件参数 阅读全文
摘要:
紧接上文, 质控去除宿主(土壤样本不需要去宿主)后下一步对样本序列进行组装。 1、组装工具 宏基因组学中常用序列组装工具不少,如SOAPdenovo2、megagit,spades、metaSPAdes、MOCAT2、IDBA-UD等各有优劣,下面两个软件是分析过程中比较常用的。 spades:ht 阅读全文
摘要:
1、测序数据 数据来源于密歇根大学的一项研究,数据项目号为PRJNA389927。这个研究项目的包括正常、癌前病变和癌症病人样本共181例。项目对应的github地址:https://github.com/SchlossLab/Hannigan_CRCVirome_mBio_2018 ,也可以直接去 阅读全文
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一个比fastANI更快更准确的工具 paper:Fast and robust metagenomic sequence comparison through sparse chaining with skani | Nature Methods git:bluenote-1577/skani: 阅读全文
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一、 软件安装: conda search 仓库是有结果的,安装却死活安装不上,直接pip安装成功了,用的清华的源,执行完pip install humann 等了近20min才显示安装完成。 输入humann出现如下信息表示安装成功,接下来安装相应数据库文件。 usage: humann [-h] 阅读全文
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usage: 脚本就不注释了,会perl的都看得懂;测试了下,速度感人OTZ,淦! #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Cwd qw/getcwd/; use Getopt::Long; use Net::FTP; use featur 阅读全文
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perl 模块Getopt::Long使用示例 use strict; use warnings; use Getopt::Long; my @ARGV2 = @ARGV; my data ="x.txt"; my help; die("error 阅读全文
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书接上回,在上一篇博客中完成了数据的降维分析,这里在降维后的基础上继续进行聚类分析,使用前2个PC进行KMeans据类并可视化。 from sklearn.cluster import KMeans from collections import Counter # 语言定义颜色和画布 colors 阅读全文