摘要：
这篇论文介绍了一种使用YOLO算法进行植物检测和计数的技术，旨在为农业实践提供一种自动化、有效的解决方案。作者通过收集大量的农田照片，并对每张照片中的植物实例进行精确的边界框标注，训练了这个算法。YOLO算法以其实时物体检测能力而闻名，在图像中将输入图像划分为网格，并预测每个网格单元格的边界框和类别 阅读全文
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在GS领域，虽然已经开发了众多统计模型，但其中大多数是针对数量连续性状的，只有少数是针对离散性状。近日，CIMMYT的Jose Crossa（数量遗传学领域大佬，详见：https://www.cimmyt.org/people/jose-crossa/）针对离散性状提出了一个在贝叶斯框架下的离散对数 阅读全文
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2015年，我开通了微信公众号。自诩文青，发过几篇疼痛文字。现在大多已删，由于太尬，能抠出三室两厅那种。现在能看到的最早一篇是张泉灵的央视离职日记：生命的后半段，您看了就知道有多尬。 后面几年，粉丝寥寥，阅读可数，也很少更新，没想着做大做强，甚至有意回避推广，怕别人看到。 工作做生信搞数据分析，慢慢 阅读全文
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2024年1月13日，中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展，文章发表在《Trends in Plant Science》，题为：Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起 阅读全文
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今日介绍一家大数据AI超级独角兽公司，以及它如何与当前生物基因组学相结合。它就是Databricks，没错，俗称“砖厂”。 Databricks简介 Databricks公司诞生于2013年，是属于Spark的商业化公司，创始人来自Apache Spark大数据处理系统的创始团队，包括加州大学伯克利 阅读全文
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今天处理一个客户的基因型数据，遇到了一个格式转化的问题。 我想将标准vcf转为某特定格式（类hapmap），之前基于pysam库写了一个比较成熟的脚本，运行了n年都没问题。 但这次出错如下： a,b = v['GT'] ValueError: not enough values to unpack 阅读全文
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今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a 阅读全文
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昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水 阅读全文
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今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk，描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因 阅读全文
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Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，包括数据库、算法和工具包，可用于各种生物信息学任务，例如数据分析、模型构建和机器学习。 网站：https://sandbox.bio/ 可以从零练习Linux基本操作，以及生信相关的 阅读全文