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在Linux中查看图片，这个需求是非常常见的。总不至于在集群中生成个图片，随便看下效果，也要用filezilla、winscp之类的远程文件传输工具导过来导过去吧，这样效率太低。 Linux图片查看常用eog和ImageMagick两款软件。可是关于eog的资料实在是太少了，就算下下来，我也没找到教 阅读全文
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常规方法 Bioseq模块方法 单行命令 阅读全文
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高级特性 代码不是越多越好，而是越少越好。代码不是越复杂越好，而是越简单越好。代码越少，开发效率越高。 1.切片 切片（Slice）操作符，取一个list或tuple的部分元素非常常见。 列表 tuple 字符串 不像R和Perl等专门提供字符串截取函数，Python中用一个切片操作就可完成，灵活使 阅读全文
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函数 1.调用函数 数据类型转换 函数调用: 根据函数定义，传入正确的参数 2.定义函数 一旦执行到return函数就执行完毕，并将结果返回。若没有return将返回None。 将以上函数保存为 文件，可以在当前目录下启动Python解释器，用 来导入 函数。 空函数 啥也不做，常用做占位符，先让代 阅读全文
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这篇笔记来自 "廖雪峰的Python教程" 。 一.Python基础 Python使用缩进来组织代码块，务必遵守约定俗成的习惯，坚持使用4个空格的缩进。 在文本编辑器中，需要设置把Tab自动转换为4个空格，确保不混用Tab和空格。 1.数据类型和变量 整数： ,` 8 0`, 浮点数： ,` 9.1 阅读全文
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前言 Shell 既是一种脚本编程语言，也是一个连接内核和用户的软件。Shell 将内核、程序和用户连接了起来。 任何代码最终都要被“翻译”成二进制的形式才能在计算机中执行。 有的编程语言，如 C/C++、Pascal、Go语言、汇编等，必须在程序运行之前将所有代码都翻译成二进制形式，也就是生成可执 阅读全文
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当前，关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热，网上关于这方面的知识也寥寥无几，从事这一行也有一段时间了，但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训，所以是时候把知识点总结一下，权当复习。当然整个蛋白质组学研究也算纷繁复杂，不可能面面俱到，而且很多东西我也在学习当中，肯定会出现不少纰漏。毕竟 阅读全文
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前言 这是代谢组学数据分析的一个R包，包括用于代谢组学数据分析、可视化和功能注释等众多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程，安装这个包出现了问题，于是我折腾了一上午。 这个包的介绍在： "https://github.com/xia lab/MetaboAnalystR" ，安装确实还比较复杂 阅读全文
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select函数 dplyr包select函数用的很多，不过我们一般也是通过正反选列名或数字来选择列。 常见用法如： 实际应用中我们加上一些 辅助函数 会更加得心应手。 这些函数有： mutate Ref: "http://www.bioinfo scrounger.com/archives/405 阅读全文
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做了个两组间的Kruskal wallis检验，出现如下错误： 对应的英文版本错误为： 一下果然都是 。 这是因为我的 变量是字符串而非因子。is.finite函数不能是字符串对象。 。因此转化为因子，成功： 阅读全文