2019年9月1日
[R] 添加误差棒的分组折线图：geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the...
摘要： 想做一个简单的分组折线图，并添加误差棒，类似下面这样的： 用ggplot似乎很简单就能实现： ，重点在于计算误差棒。 还是看示例数据吧： Type是转录和蛋白两个组学，Region是某个组织的不同区域。想作如上图的样子，即不同区域在两个组学的折线图分布。 计算误差需要安装Rmisc包中的summar 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:56 生物信息与育种 阅读(9944) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R]在dplyr函数的基础上编写函数-(3)tidyeval
摘要： dplyr的优点很明显，数据框操作简洁，如 等于 。然而优点也是缺点，因为它的的参数不是透明的，这意味着你不能用一个看似等价的对象代替一个在别处定义的值。 自然想到编写类似下面的函数： my_summarise % group_by(group_var) % % summarise(a = mean 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:55 生物信息与育种 阅读(829) 评论(1) 推荐(0) 编辑
[R]在dplyr基础上编写函数-(2)substitute和quote
摘要： 关于这两个函数，官方是这么定义的： substitute returns the parse tree for the (unevaluated) expression expr, substituting any variables bound in env. quote simply retur 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:54 生物信息与育种 阅读(1010) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R]在dplyr基础上编写函数-(1)eval
摘要： tidyverse系列的R包虽然解放了大家的双手，但同时也束缚了我们重新编写函数的能力。在这一套语法中，要实现作为函数参数的字符串和变量之间的相互转换困难重重，但只要掌握了其中原理后，也就能够游刃有余地处理了。 首先要理解基础R中几个重要又易忽略的函数。 eval 简言之就是： 对表达式对象的求值 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:53 生物信息与育种 阅读(587) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2019年8月15日
[R] 保存pheatmap图片对象到文件
摘要： 一般我们使用pheatmap通过Rstudio交互得到的图片在plots的Export导出即可，如何保存对象到文件呢？这个需求在自动化流程中很常见，作者似乎也没说明。 生成示例数据： 看下数据亚子： 实现方法 接下来实现方法，分为两步： 1.保存对象 library(pheatmap) xx Ref 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:35 生物信息与育种 阅读(5179) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R] ignore.case区分大小写参数
摘要： 字符串操作的函数（如contains），很多都包含ignore.case参数，默认是T，即不分大小写，稍不注意就会掉坑里，最好的习惯是下意识地加入这个参数。 举个例子： 我要选择An的列，就用下面这个 可以看到把转录本ID也选进去了，不检查的话后续就会出错了。所以下意识地用ignore.case参数 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:29 生物信息与育种 阅读(1472) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[linux] 常用命令及参数-2
摘要： sort grep sed awk cut paste join split 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:28 生物信息与育种 阅读(520) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[linux] 大批量删除任务
摘要： 一不小心投了巨多任务，或者投递的资源不合理时，想批量杀掉这些任务。 kill的方法就不说了，我这里用qdel的方法。 用了这么一条命令： qstat |sed '1,2d' |awk -F' ' '{print $1}' |sed ':x;N;s/\n/ /;b x'|cat 再用qdel删除即可。 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:28 生物信息与育种 阅读(8509) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R] 如何快速生成许多差异明显的颜色？
摘要： 这个需求真的太常见了！注意问题强调的几个关键词：一是快速，二是大量，三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本，比如宏基因组中的物种分析： 方法一：自定义 自定义颜色：优点是选择差异明显的颜色，缺点是费时费力，不知选多少种，眼睛都要挑花。 R的颜色板很多网站都可以查，随意搜一个贴上：ht 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:27 生物信息与育种 阅读(4542) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2019年7月23日
Python基础笔记4
摘要： 模块 模块是一组Python代码的集合，一个.py文件就称之为一个模块（Module），按目录来组织模块称为包（Package）。优点：提高了代码的可维护性；避免函数名和变量名冲突。 创建模块时不能和Python自带的模块名称冲突（检查模块是否存在用import abc）,否则将无法导入系统自带的模 阅读全文
posted @ 2019-07-23 22:55 生物信息与育种 阅读(232) 评论(0) 推荐(0) 编辑