摘要：
前言 一般而言，我们做完pathway富集分析，就做下气泡图或bar图来进行展示，但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue。如果我们不关注这两个因素，而是在乎样本本身的pathway丰度呢？ 对于KEGG热图绘制，大部分是做到KO层级，因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系。如果一定要 阅读全文
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vennDiagram包中的主函数绘图时，好像不直接支持PDF格式文件： dat = list(a = group_out[[1]][,1],b = group_out[[2]][,1]) names(dat) Ref: "https://stackoverflow.com/questions/14 阅读全文
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需求 系统自带的python2版本太低，且没有想要的模块，非root用户无法安装。有些模块是python2写的，无法用python3，所以自己下载一个高版本的python2，可以自由下载模块。 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定，下了个2018年的修复版本。 可以把 阅读全文
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说明 软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在 集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。 安装 这个软件是 写的，因此假设我已经安装好了较高版本的 以及 等工具，在此基础上来安装 。 下载地址： "https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/d 阅读全文
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一个很简单的命令，使用频率非常高，但一没注意就会失策。 我将别人盘下的 目录软连接到自己盘中，想要删除时： 结果： 试了多次也删除不了，最后发现原因： 会把原来 下的内容删除，我因为没有权限，自然删除不了原内容。 正确地写法不应该加斜杠，即 ，这样就只删除软链接，而不删除实际数据。 Ref: "ht 阅读全文
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最近测试某流程时，跑的过程报错了，于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了，但在 中运行某步时碰到了如题报错！ $ mv MP_genus_network_files/ tax_network mv: cannot move tax_network/MP_genus_network_files': 阅读全文
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图例太多时，会挤压正图，显得正图展示区域很小，这时有必要缩小图例。 减小ggplot图例 library(ggplot2) p 阅读全文
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爬取豆瓣相册 library(RCurl) library(XML) myHttpheader 阅读全文
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以为对 很熟了，谁知又掉坑里了。 我有个3万多行的数据集，包括样品表达量和注释信息。大概长这样： 本来3万多行，可是读进来的时候变成了1万多行，而且read.delim和read.table减少的行数还不一样。我用Excel打开，再另存为txt格式读入后，数据行数变回正常的3万多。 MP 阅读全文
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最近我用cbind函数整合数据后，再用filter过滤数据，碰到了一个大坑。 以两组独立样本t检验筛选差异蛋白为例进行说明吧。 pro2 % filter(log2_FC =0.58,Pvalue% filter(log2_FC 阅读全文