摘要：
前言 在工业界，天天做着重复的简单工作，已失去了对领域新技术发展的敏感性和好奇心，对技术人员来说这是件可怕的事情。因为没时间，也没兴趣看文献，不能掌握第一手资料，只能在网上找找已有的信息，随便翻翻大佬的博客，看看人家在做什么。这样也能稍稍了解行业动态，有助于对知识的思考和业务水平的提升。 工具包 B 阅读全文
摘要：
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里？ GO的注释信息来自Bio 阅读全文
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概念 生物标志物，即传说中的biomarker，是一类可测量的，用来表征疾病状态的物质，通常用于表征： 疾病的状态（是否为某种疾病/某种亚型）； 药物敏感性，用于用药指导； 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果（独立于治疗），如AB1 42可用于诊断老年痴呆预后。 预测型标志物 预测疾 阅读全文
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非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； 3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为：每行为一个m/z，每列为一个样本 数 阅读全文
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代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。 解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。 解决同位素问题。 二级鉴定。 阅读全文
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基本概念 代谢物 ：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。 代谢组 ：一个细胞、组织、器官中所有代谢物的集合。 代谢组学 ：利用高通量的技术来鉴定和定量一个细胞、组织或器官中所有小分 阅读全文
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导入数据 BGI开发的一款web工具，用于可视化GO注释结果。自己平时不用，但要介绍给别人，简单记录下要点，避免每次授课前自己忘了又要摸索。 地址： "http://wego.genomics.org.cn/" 导入文件到灰色框中，可同时导入多个文件进行比较（点一次弹出一次）。支持多种文件格式导入， 阅读全文
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前言 pathview是一个通路可视化友好的R包，最主要的是它支持多组学数据映射（基因/蛋白 代谢）。自己用过它的R包，后来发现有网页版的，果断介绍给学员。因为不常用，记录要点，以后温习备用。 目前web版本和R包访问和应用次数如下，显然R群体用户占主导。Web界面是在PHP上使用Laravel F 阅读全文
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在文章或宣传稿中经常看到两者滥用，实际上是不同的。 首先是各个字母的含义： 16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。 rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。 rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（ 阅读全文
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需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和 阅读全文