生物信息与育种

摘要： R 语言实战（第二版） part 5 2 技能拓展 第21章创建包 R 包是一套函数、文档和数据的合集，以一种标准的格式保存 1.测试npar包。进行非参组间比较 pkg ' @examples ' results 当前目录寻找.Rprofile，若没找到该文件，则到用户主目录HOME中去找 Sys 阅读全文

摘要： R 语言实战（第二版） part 4 高级方法 第13章 广义线性模型 R 前面分析了线性模型中的回归和方差分析，前提都是假设因变量服从正态分布 广义线性模型对非正态因变量的分析进行扩展：如类别型变量、计数型变量（非负有限值） glm函数，对于类别型因变量用logistic回归，计数型因变量用泊松回 阅读全文

摘要： R 语言实战（第二版） part 3 中级方法 第8章 回归 R 概念：用一个或多个自变量（预测变量）来预测因变量（响应变量）的方法 最常用：OLS——普通最小二乘回归法，包括简单线性回归、多项式回归、多元线性回归 过程：拟合OLS回归模型—— 评价拟合优度—— 假设检验—— 选择模型 OLS回归 阅读全文

摘要： R 语言实战（第二版） part 2 基本方法 第6章 基本图形 R 1.条形图 一般是类别型（离散）变量 library(vcd) help(Arthritis) 类风湿性关节炎新疗法研究结果 head(Arthritis) count 0.05独立 2）.Fisher精确检验 fisher.te 阅读全文

摘要： 说明： 1.本笔记对《R语言实战》一书有选择性的进行记录，仅用于个人的查漏补缺 2.将完全掌握的以及无实战需求的知识点略去 3.代码直接在Rsudio中运行学习 R语言实战（第二版） part 1 入门 第1章 R语言介绍 R help.start() 帮助文档首页 demo() R语言demo演示 阅读全文

摘要： 1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein），default = T a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F]，default = F 阅读全文

摘要： 1. Rstudio安装xlsx报错 xlsx包加载依赖Java环境，我之前就安装过Java，但安装xlsx成功后，加载xlsx时一直报错： 指定java环境也不行： 原因：Java安装的版本一定要和Rstudio版本对应，我的R版本是64bit，java32bit。因此重新安装64bit或者在Rs 阅读全文

摘要： #-------------------------------- # plyr包使用# 建议直接保存为R文件到Rstudio中运行 #-------------------------------- #-------------1.传统apply函数与plyr比较 library(tidyr) library(plyr) head(iris) long.iris <- stack(iri... 阅读全文

摘要： find /grep /xargs /sort /uniq /tr /cut /paste /sed /awk......待续...... 1.find 名字查找： find . -name file #eg: find -name *txt 正则查找： find . -regex "pattern 阅读全文

摘要： 从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 1.NCBI 人类基因组 GRCh38下载（默认）： ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/ GRCh37下载： ftp://ftp.ncbi.nlm. 阅读全文