摘要：
通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。 教程： https://stevenvb12.github.io/ 代码： h 阅读全文
摘要：
mapmixture简介 群体结构（admixture）绘图，R包pophelper是神器（https://github.com/royfrancis/pophelper），立个flag，下次投稿。今天给大家介绍的是另一个R包mapmixture，同样可绘制群体结构图，并与地图分布相结合。小小R包竟 阅读全文
摘要：
近日，扬州大学张韬团队在aBIOTECH发表综述“Integrating machine learning and genome editing for crop improvement”。 随着大数据的积累，越来越多基于机器学习的方法被应用于植物科学研究，包括功能性基因和调控元件的挖掘，蛋白质结构 阅读全文
摘要：
在基因组选择领域，"准确性"（Accuracy）和"预测能力"（Prediction Ability）是两个常用的评价指标，用于衡量基因组选择模型的性能。 在学术研究中，两者都有用到，但没有明显区分，容易出现混用情况。 以下是一篇文章中的定义： https://bmcgenomics.biomedc 阅读全文
摘要：
本文旨在比较机器学习方法在基因组预测中的表现，并评估其对高维数据的处理能力。作者使用了正则化回归、深度学习、集成和实例基础学习等不同类型的监督学习方法，分别应用于模拟动物育种数据集和三个实际玉米育种数据集中。 结果表明，机器学习方法的表现和计算成本取决于数据和目标性状，简单线性混合模型和正则化回归方 阅读全文
摘要：
如题，如何从vcf文件中快速提取基因型Genotype，得到基因型表格文件？ vcf作为标准的存储变异的文件格式。虽是标准格式，但可扩展性极强，变异属性可随意添加，真是很妙的设计！其实vcf格式和vcftools软件文章发表也不过13年而已。 基因型矩阵，类似于HapMap格式，市场上大多数芯片也是 阅读全文
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中国农业科学院作物科学研究所联合国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）等单位在《The Crop Journal》发表论文：Genomic prediction of yield performance among single-cross maize hybrids using a partial 阅读全文
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最近国人有几个新的基因定位方法发表，记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）具有适用范围广、实验成本低的优势，但现有BSA算法（例如SN 阅读全文
摘要：
近日，四川农业大学刘登才组在《The Crop Journal》发表了综述文章：Towards cultivar-oriented gene discovery for better crops，回顾了引起基因发掘与品种创新“脱节”的几个常见问题，并提出了一些建议。 许多基因在论文中被描述为有利于提 阅读全文