摘要: 前言 Shell 既是一种脚本编程语言,也是一个连接内核和用户的软件。Shell 将内核、程序和用户连接了起来。 任何代码最终都要被“翻译”成二进制的形式才能在计算机中执行。 有的编程语言,如 C/C++、Pascal、Go语言、汇编等,必须在程序运行之前将所有代码都翻译成二进制形式,也就是生成可执 阅读全文
posted @ 2019-07-17 23:04 生物信息与育种 阅读(696) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 当前,关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热,网上关于这方面的知识也寥寥无几,从事这一行也有一段时间了,但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训,所以是时候把知识点总结一下,权当复习。当然整个蛋白质组学研究也算纷繁复杂,不可能面面俱到,而且很多东西我也在学习当中,肯定会出现不少纰漏。毕竟 阅读全文
posted @ 2019-07-17 22:59 生物信息与育种 阅读(43062) 评论(2) 推荐(6) 编辑
摘要: 前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析、可视化和功能注释等众多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午。 这个包的介绍在: "https://github.com/xia lab/MetaboAnalystR" ,安装确实还比较复杂 阅读全文
posted @ 2019-07-17 16:01 生物信息与育种 阅读(3594) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: select函数 dplyr包select函数用的很多,不过我们一般也是通过正反选列名或数字来选择列。 常见用法如: 实际应用中我们加上一些 辅助函数 会更加得心应手。 这些函数有: mutate Ref: "http://www.bioinfo scrounger.com/archives/405 阅读全文
posted @ 2019-07-14 21:48 生物信息与育种 阅读(3621) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 做了个两组间的Kruskal wallis检验,出现如下错误: 对应的英文版本错误为: 一下果然都是 。 这是因为我的 变量是字符串而非因子。is.finite函数不能是字符串对象。 。因此转化为因子,成功: 阅读全文
posted @ 2019-06-28 23:36 生物信息与育种 阅读(1051) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: R怎么 同时 保存 等多种格式的图片? 如果是 对象,用 用两下就行,如果不是呢? 组合 是通常保存方法,但一个组合只能保存一个图片。要想保存多个图像,生成图片的对象需要多次生成,要是一个简单的作图脚本还好,复制粘贴就行,如果是很长很复杂的作图脚本呢?如果是循环批量作图呢? 非 对象绘图且同时生成 阅读全文
posted @ 2019-06-28 22:25 生物信息与育种 阅读(5082) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 从事基于质谱的蛋白质组学信息分析也有一年多时间了,回过头来还是需要缕一缕这个领域的方方面面,温故知新。 简要概述 蛋白质组学(Proteomics)是研究一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质的统称。作为系统生物学中的重要组成部分,处于中心法则下游,相比于基因组和转录组学而言,发展比较缓慢。 蛋白质 阅读全文
posted @ 2019-06-23 19:21 生物信息与育种 阅读(5910) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 前言 合并数据框有重复匹配时通常会返回所有的匹配,如何只保留匹配的第一行呢?其实这个需求也很常见。如芯片探针ID和基因ID往往多对一,要合并ID对应矩阵和芯片表达矩阵时。 数据例子 数据长这样: 想要这样的结果: 错误的尝试 试了不少方法,以下都是达不到需求的: 正确方法 通过网上查找,找到了如下实 阅读全文
posted @ 2019-06-23 13:55 生物信息与育种 阅读(3119) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、质谱仪 1. 质谱与质谱仪 质谱仪是一类物质分析仪器,它将分析样品转化成带电离子并根据质荷比实现分离,检测质荷比相对强度后生成质谱图进行分析。 由于检测质荷比的特性,质谱仪可以确定化合物的质量进而确定化合物的分子式。并且,根据中间产物的性质,质谱仪甚至可以唯一地确定某些化合物的结构式,测出浓度, 阅读全文
posted @ 2019-06-17 21:03 生物信息与育种 阅读(5774) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 啰嗦几句 Perl的时代已经过去,现在年轻的同事们基本上都在用Python了。但个人认为单就生物信息文本处理而言,Perl语言是绝对够用的。最主要的是,前辈们搭建的流程大多数是Perl写的,因此,如果从事流程维护和升级的工作,掌握Perl是必不可少的。即使领导也提出过全面改用Python,这么多流程 阅读全文
posted @ 2019-06-16 22:21 生物信息与育种 阅读(1509) 评论(0) 推荐(0) 编辑