摘要: 字符串操作的函数(如contains),很多都包含ignore.case参数,默认是T,即不分大小写,稍不注意就会掉坑里,最好的习惯是下意识地加入这个参数。 举个例子: 我要选择An的列,就用下面这个 可以看到把转录本ID也选进去了,不检查的话后续就会出错了。所以下意识地用ignore.case参数 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:29 生物信息与育种 阅读(1454) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: sort grep sed awk cut paste join split 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:28 生物信息与育种 阅读(517) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一不小心投了巨多任务,或者投递的资源不合理时,想批量杀掉这些任务。 kill的方法就不说了,我这里用qdel的方法。 用了这么一条命令: qstat |sed '1,2d' |awk -F' ' '{print $1}' |sed ':x;N;s/\n/ /;b x'|cat 再用qdel删除即可。 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:28 生物信息与育种 阅读(8400) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 这个需求真的太常见了!注意问题强调的几个关键词:一是快速,二是大量,三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本,比如宏基因组中的物种分析: 方法一:自定义 自定义颜色:优点是选择差异明显的颜色,缺点是费时费力,不知选多少种,眼睛都要挑花。 R的颜色板很多网站都可以查,随意搜一个贴上:ht 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:27 生物信息与育种 阅读(4519) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 模块 模块是一组Python代码的集合,一个.py文件就称之为一个模块(Module),按目录来组织模块称为包(Package)。优点:提高了代码的可维护性;避免函数名和变量名冲突。 创建模块时不能和Python自带的模块名称冲突(检查模块是否存在用import abc),否则将无法导入系统自带的模 阅读全文
posted @ 2019-07-23 22:55 生物信息与育种 阅读(227) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在Linux中查看图片,这个需求是非常常见的。总不至于在集群中生成个图片,随便看下效果,也要用filezilla、winscp之类的远程文件传输工具导过来导过去吧,这样效率太低。 Linux图片查看常用eog和ImageMagick两款软件。可是关于eog的资料实在是太少了,就算下下来,我也没找到教 阅读全文
posted @ 2019-07-22 23:17 生物信息与育种 阅读(2500) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 常规方法 Bioseq模块方法 单行命令 阅读全文
posted @ 2019-07-21 17:27 生物信息与育种 阅读(523) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 高级特性 代码不是越多越好,而是越少越好。代码不是越复杂越好,而是越简单越好。代码越少,开发效率越高。 1.切片 切片(Slice)操作符,取一个list或tuple的部分元素非常常见。 列表 tuple 字符串 不像R和Perl等专门提供字符串截取函数,Python中用一个切片操作就可完成,灵活使 阅读全文
posted @ 2019-07-21 17:23 生物信息与育种 阅读(319) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 函数 1.调用函数 数据类型转换 函数调用: 根据函数定义,传入正确的参数 2.定义函数 一旦执行到return函数就执行完毕,并将结果返回。若没有return将返回None。 将以上函数保存为 文件,可以在当前目录下启动Python解释器,用 来导入 函数。 空函数 啥也不做,常用做占位符,先让代 阅读全文
posted @ 2019-07-21 17:22 生物信息与育种 阅读(300) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 这篇笔记来自 "廖雪峰的Python教程" 。 一.Python基础 Python使用缩进来组织代码块,务必遵守约定俗成的习惯,坚持使用4个空格的缩进。 在文本编辑器中,需要设置把Tab自动转换为4个空格,确保不混用Tab和空格。 1.数据类型和变量 整数: ,` 8 0`, 浮点数: ,` 9.1 阅读全文
posted @ 2019-07-21 17:19 生物信息与育种 阅读(308) 评论(0) 推荐(0) 编辑