2019年9月3日
[linux] mv: cannot move $ to $: Directory not empty
摘要： 最近测试某流程时，跑的过程报错了，于是检查脚本修改后重新测试。脚本是改过来了，但在 中运行某步时碰到了如题报错！ $ mv MP_genus_network_files/ tax_network mv: cannot move tax_network/MP_genus_network_files': 阅读全文
posted @ 2019-09-03 23:10 生物信息与育种 阅读(10720) 评论(0) 推荐(0) 编辑
【R】调整ggplot图例大小
摘要： 图例太多时，会挤压正图，显得正图展示区域很小，这时有必要缩小图例。 减小ggplot图例 library(ggplot2) p 阅读全文
posted @ 2019-09-03 17:50 生物信息与育种 阅读(16878) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2019年9月2日
【R】爬虫案例
摘要： 爬取豆瓣相册 library(RCurl) library(XML) myHttpheader 阅读全文
posted @ 2019-09-02 23:08 生物信息与育种 阅读(419) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R] read.table/read.delim读入数据行数变少？
摘要： 以为对 很熟了，谁知又掉坑里了。 我有个3万多行的数据集，包括样品表达量和注释信息。大概长这样： 本来3万多行，可是读进来的时候变成了1万多行，而且read.delim和read.table减少的行数还不一样。我用Excel打开，再另存为txt格式读入后，数据行数变回正常的3万多。 MP 阅读全文
posted @ 2019-09-02 13:23 生物信息与育种 阅读(3304) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2019年9月1日
[R] cbind和filter函数的坑
摘要： 最近我用cbind函数整合数据后，再用filter过滤数据，碰到了一个大坑。 以两组独立样本t检验筛选差异蛋白为例进行说明吧。 pro2 % filter(log2_FC =0.58,Pvalue% filter(log2_FC 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:57 生物信息与育种 阅读(964) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R] 添加误差棒的分组折线图：geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the...
摘要： 想做一个简单的分组折线图，并添加误差棒，类似下面这样的： 用ggplot似乎很简单就能实现： ，重点在于计算误差棒。 还是看示例数据吧： Type是转录和蛋白两个组学，Region是某个组织的不同区域。想作如上图的样子，即不同区域在两个组学的折线图分布。 计算误差需要安装Rmisc包中的summar 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:56 生物信息与育种 阅读(9886) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R]在dplyr函数的基础上编写函数-(3)tidyeval
摘要： dplyr的优点很明显，数据框操作简洁，如 等于 。然而优点也是缺点，因为它的的参数不是透明的，这意味着你不能用一个看似等价的对象代替一个在别处定义的值。 自然想到编写类似下面的函数： my_summarise % group_by(group_var) % % summarise(a = mean 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:55 生物信息与育种 阅读(824) 评论(1) 推荐(0) 编辑
[R]在dplyr基础上编写函数-(2)substitute和quote
摘要： 关于这两个函数，官方是这么定义的： substitute returns the parse tree for the (unevaluated) expression expr, substituting any variables bound in env. quote simply retur 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:54 生物信息与育种 阅读(992) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[R]在dplyr基础上编写函数-(1)eval
摘要： tidyverse系列的R包虽然解放了大家的双手，但同时也束缚了我们重新编写函数的能力。在这一套语法中，要实现作为函数参数的字符串和变量之间的相互转换困难重重，但只要掌握了其中原理后，也就能够游刃有余地处理了。 首先要理解基础R中几个重要又易忽略的函数。 eval 简言之就是： 对表达式对象的求值 阅读全文
posted @ 2019-09-01 21:53 生物信息与育种 阅读(575) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2019年8月15日
[R] 保存pheatmap图片对象到文件
摘要： 一般我们使用pheatmap通过Rstudio交互得到的图片在plots的Export导出即可，如何保存对象到文件呢？这个需求在自动化流程中很常见，作者似乎也没说明。 生成示例数据： 看下数据亚子： 实现方法 接下来实现方法，分为两步： 1.保存对象 library(pheatmap) xx Ref 阅读全文
posted @ 2019-08-15 23:35 生物信息与育种 阅读(5100) 评论(0) 推荐(0) 编辑