摘要：
`MEGAN（Metagenome Analyzer） Diamond+MEGAN6`已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的 使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面的资料也寥寥无几，这里简单记录下使用方法，主要是针对 平 阅读全文
摘要：
以前由于 命令行传参不友好，经常嵌套在其他程序语言（如 ）中来进行传参，但现在也陆续有一些方式来实现 的传参了，这里简单罗列下。 方法一 最传统的方法就是使用系统自带的 函数，直接按位置顺序传入。这种方法简短、快速，适合个人使用。一般也能满足我们的需求了，但对于其他用户是不够友好的。 方法二 使用 阅读全文
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集群环境下安装 进行软件管理。 是`Anaconda Minconda3`进行软件安装管理。 安装 "下载地址" ，版本根据所需选择下载。 也可手动添加到环境变量： 这里提示一下：有的人说最好不要将 加入到环境变量中，因为会污染到非 安装的其他软件，造成不可预知的错误 "Anaconda is a 阅读全文
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记录说明 这篇文章本来是用来记录 非`root PMCMRplus R`包后，我换上了 来安装。经前人提醒，一开始安装 我是没加入环境变量的。但一直激活不了虚拟环境，所以后来我又加入了环境变量试着安装，结果这一弄还真的污染了我原有的环境，很多 包都加载和下载不了了。于是我卸了 ，重新安装 。但环境变 阅读全文
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说明 一般Linux系统自带或公共的 版本都很低，如目前我们的服务器版本的 还停留在 ，而 "官网" 已到达 版本（下载 "http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/" ） ，有些项目编译时需要更高版本的 ，这时就需要自己额外安装一个了。 网上关于非 用户的教程有很多，但大多数都很旧且不 阅读全文
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前言 一般而言，我们做完pathway富集分析，就做下气泡图或bar图来进行展示，但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue。如果我们不关注这两个因素，而是在乎样本本身的pathway丰度呢？ 对于KEGG热图绘制，大部分是做到KO层级，因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系。如果一定要 阅读全文
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vennDiagram包中的主函数绘图时，好像不直接支持PDF格式文件： dat = list(a = group_out[[1]][,1],b = group_out[[2]][,1]) names(dat) Ref: "https://stackoverflow.com/questions/14 阅读全文
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需求 系统自带的python2版本太低，且没有想要的模块，非root用户无法安装。有些模块是python2写的，无法用python3，所以自己下载一个高版本的python2，可以自由下载模块。 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定，下了个2018年的修复版本。 可以把 阅读全文
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说明 软件是宏组学物种研究常用软件，一般大家用在线版本即可。但要搭建在 集群环境中有点烦，记录一下折腾过程。 安装 这个软件是 写的，因此假设我已经安装好了较高版本的 以及 等工具，在此基础上来安装 。 下载地址： "https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/d 阅读全文
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一个很简单的命令，使用频率非常高，但一没注意就会失策。 我将别人盘下的 目录软连接到自己盘中，想要删除时： 结果： 试了多次也删除不了，最后发现原因： 会把原来 下的内容删除，我因为没有权限，自然删除不了原内容。 正确地写法不应该加斜杠，即 ，这样就只删除软链接，而不删除实际数据。 Ref: "ht 阅读全文