摘要:
`MEGAN(Metagenome Analyzer) Diamond+MEGAN6`已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的 使用方法差别较大,尤其在命令行模式下。网上的关于这方面的资料也寥寥无几,这里简单记录下使用方法,主要是针对 平 阅读全文
摘要:
以前由于 命令行传参不友好,经常嵌套在其他程序语言(如 )中来进行传参,但现在也陆续有一些方式来实现 的传参了,这里简单罗列下。 方法一 最传统的方法就是使用系统自带的 函数,直接按位置顺序传入。这种方法简短、快速,适合个人使用。一般也能满足我们的需求了,但对于其他用户是不够友好的。 方法二 使用 阅读全文
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集群环境下安装 进行软件管理。 是`Anaconda Minconda3`进行软件安装管理。 安装 "下载地址" ,版本根据所需选择下载。 也可手动添加到环境变量: 这里提示一下:有的人说最好不要将 加入到环境变量中,因为会污染到非 安装的其他软件,造成不可预知的错误 "Anaconda is a 阅读全文
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记录说明 这篇文章本来是用来记录 非`root PMCMRplus R`包后,我换上了 来安装。经前人提醒,一开始安装 我是没加入环境变量的。但一直激活不了虚拟环境,所以后来我又加入了环境变量试着安装,结果这一弄还真的污染了我原有的环境,很多 包都加载和下载不了了。于是我卸了 ,重新安装 。但环境变 阅读全文
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说明 一般Linux系统自带或公共的 版本都很低,如目前我们的服务器版本的 还停留在 ,而 "官网" 已到达 版本(下载 "http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/" ) ,有些项目编译时需要更高版本的 ,这时就需要自己额外安装一个了。 网上关于非 用户的教程有很多,但大多数都很旧且不 阅读全文
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前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue。如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于KEGG热图绘制,大部分是做到KO层级,因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系。如果一定要 阅读全文
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vennDiagram包中的主函数绘图时,好像不直接支持PDF格式文件: dat = list(a = group_out[[1]][,1],b = group_out[[2]][,1]) names(dat) Ref: "https://stackoverflow.com/questions/14 阅读全文
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需求 系统自带的python2版本太低,且没有想要的模块,非root用户无法安装。有些模块是python2写的,无法用python3,所以自己下载一个高版本的python2,可以自由下载模块。 实现 1.安装python2.7.15 最新的2.7.16可能不稳定,下了个2018年的修复版本。 可以把 阅读全文
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说明 软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可。但要搭建在 集群环境中有点烦,记录一下折腾过程。 安装 这个软件是 写的,因此假设我已经安装好了较高版本的 以及 等工具,在此基础上来安装 。 下载地址: "https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/d 阅读全文
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一个很简单的命令,使用频率非常高,但一没注意就会失策。 我将别人盘下的 目录软连接到自己盘中,想要删除时: 结果: 试了多次也删除不了,最后发现原因: 会把原来 下的内容删除,我因为没有权限,自然删除不了原内容。 正确地写法不应该加斜杠,即 ,这样就只删除软链接,而不删除实际数据。 Ref: "ht 阅读全文