摘要:
前言 我在微信读书APP上看了一些书,但很多都只是过了一遍,看完了也就忘了。这对于专业书籍来说,读一遍相当于没读,所以把自己做的笔记导出来看看增强记忆,是很有必要的。 遗憾的是微信读书APP只提供了将笔记复制到剪切板,然后粘贴到其他地方,而PC端版本连剪切的功能都没有,更不用说导出了。更为操蛋的是这 阅读全文
摘要:
今天写了个较长的 脚本,结构嵌套比较多,最后运行时,出现了 的错误。 这个之前碰到过,经常在 系统转移脚本文件到 系统时出现,但这次我是在 环境中写的,不存在这个问题,改了试也没用。关于系统文件格式转化: 在网上查了一圈,全部都是文件格式错误的答案!程序人生CSDN中的答案真是烂透了,抄来抄去解决不 阅读全文
摘要:
目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似,目的是: 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路,方便解释科学问题; 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质:某个代谢通路在不同的状态下(如疾病与健康)是否发生了显著变化? ORA富集 回答的问题:一个代谢物 阅读全文
摘要:
这个需求是在生信分析中几乎天天用到,各种语言都能实现,也都各有特点。这次以 为例。 已知 文件 为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果。 文件 为蛋白KEGG注释结果。 文件 为蛋白鉴定数据库(有的序列以多行展示)。 需求 将以上三表整合为一个表,输出需要的信息。 实现 编写的特点是 ,条条大道通罗马, 阅读全文
摘要:
1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程|说明 | | 1.材料收集|细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术|蛋白组:iTRAQ/TMT、LabelFree、SILAC、修饰;代谢组:靶向、非靶 3.数据验证|蛋白组:PRM、WB、ELISA;代谢组 阅读全文
摘要:
前言 在工业界,天天做着重复的简单工作,已失去了对领域新技术发展的敏感性和好奇心,对技术人员来说这是件可怕的事情。因为没时间,也没兴趣看文献,不能掌握第一手资料,只能在网上找找已有的信息,随便翻翻大佬的博客,看看人家在做什么。这样也能稍稍了解行业动态,有助于对知识的思考和业务水平的提升。 工具包 B 阅读全文
摘要:
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法,以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bio 阅读全文
摘要:
概念 生物标志物,即传说中的biomarker,是一类可测量的,用来表征疾病状态的物质,通常用于表征: 疾病的状态(是否为某种疾病/某种亚型); 药物敏感性,用于用药指导; 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果(独立于治疗),如AB1 42可用于诊断老年痴呆预后。 预测型标志物 预测疾 阅读全文
摘要:
非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取,一般要求每组至少10个样; 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC; 3.QC样本与实验样本穿插上机,开始十个QC,结尾三个QC,中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为:每行为一个m/z,每列为一个样本 数 阅读全文
摘要:
代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次,代谢组学比蛋白组又落后一档次,仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下: 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定(筛选分子量相同的离子)。 解决质量数问题。 一级鉴定(通过同位素分布比对,筛选分子量和元素组成相同的离子)。 解决同位素问题。 二级鉴定。 阅读全文