摘要：
前言 我在微信读书APP上看了一些书，但很多都只是过了一遍，看完了也就忘了。这对于专业书籍来说，读一遍相当于没读，所以把自己做的笔记导出来看看增强记忆，是很有必要的。 遗憾的是微信读书APP只提供了将笔记复制到剪切板，然后粘贴到其他地方，而PC端版本连剪切的功能都没有，更不用说导出了。更为操蛋的是这 阅读全文
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今天写了个较长的 脚本，结构嵌套比较多，最后运行时，出现了 的错误。 这个之前碰到过，经常在 系统转移脚本文件到 系统时出现，但这次我是在 环境中写的，不存在这个问题，改了试也没用。关于系统文件格式转化： 在网上查了一圈，全部都是文件格式错误的答案！程序人生CSDN中的答案真是烂透了，抄来抄去解决不 阅读全文
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目的 和转录组或蛋白组的分析原理类似，目的是： 将大量的差异代谢物降维到少量的显著富集的代谢通路，方便解释科学问题； 从通路水平上可以更好解释表型背后的生物学原理/过程。 富集分析方法 富集分析的本质：某个代谢通路在不同的状态下（如疾病与健康）是否发生了显著变化？ ORA富集 回答的问题：一个代谢物 阅读全文
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这个需求是在生信分析中几乎天天用到，各种语言都能实现，也都各有特点。这次以 为例。 已知 文件 为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果。 文件 为蛋白KEGG注释结果。 文件 为蛋白鉴定数据库（有的序列以多行展示）。 需求 将以上三表整合为一个表，输出需要的信息。 实现 编写的特点是 ，条条大道通罗马， 阅读全文
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1. 实验设计与技术路线 (1) 常用流程 流程|说明 | | 1.材料收集|细胞、细胞上清、组织、血浆、血清、脑脊液、外泌体、尿液...... 2.定量技术|蛋白组：iTRAQ/TMT、LabelFree、SILAC、修饰；代谢组：靶向、非靶 3.数据验证|蛋白组：PRM、WB、ELISA；代谢组 阅读全文
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前言 在工业界，天天做着重复的简单工作，已失去了对领域新技术发展的敏感性和好奇心，对技术人员来说这是件可怕的事情。因为没时间，也没兴趣看文献，不能掌握第一手资料，只能在网上找找已有的信息，随便翻翻大佬的博客，看看人家在做什么。这样也能稍稍了解行业动态，有助于对知识的思考和业务水平的提升。 工具包 B 阅读全文
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前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了，网红教授宣传得很成功，功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。简单总结下用法，以后用时可直接找来用。 首先考虑一个问题：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里？ GO的注释信息来自Bio 阅读全文
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概念 生物标志物，即传说中的biomarker，是一类可测量的，用来表征疾病状态的物质，通常用于表征： 疾病的状态（是否为某种疾病/某种亚型）； 药物敏感性，用于用药指导； 生理状态监测。 类型 预后指标 预测疾病的预后效果（独立于治疗），如AB1 42可用于诊断老年痴呆预后。 预测型标志物 预测疾 阅读全文
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非靶向代谢组实验设计 1.代谢物提取，一般要求每组至少10个样； 2.在所有提取好的样本中取等量混合作为QC； 3.QC样本与实验样本穿插上机，开始十个QC，结尾三个QC，中间每十个样本穿插一个QC样本 。 得到质谱谱图数据经软件处理后得到峰表。 峰表格式一般为：每行为一个m/z，每列为一个样本 数 阅读全文
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代谢物的鉴定流程 蛋白组比基因组和转录组落后一档次，代谢组学比蛋白组又落后一档次，仅化合物的鉴定就让人头疼。 流程如下： 化合物精确质量数 数据库检索 一级鉴定（筛选分子量相同的离子）。 解决质量数问题。 一级鉴定（通过同位素分布比对，筛选分子量和元素组成相同的离子）。 解决同位素问题。 二级鉴定。 阅读全文