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摘要: ggplot2绘图系统——扩展包ggrepel、ggsci、gganimate、ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载,有些需借助devtools包从Github下载。 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签,相比geom_text和geom_label函数,能将重叠的标签分开,并 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:17 生物信息与育种 阅读(2397) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: R绘制地图原理: R使用一个个多边形(polygon)来表示每个区域,通过顺次连接GIS数据提供的每个区域多边形的坐标来逐点绘制这些多边形,所以理论上只要得到GIS数据就可绘制相应的地图。 地图绘制说明: 必须使用完整的中国地图(包含台湾及南海九段线); R中大部分包对于中国地图支持不佳,论文发表中 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:16 生物信息与育种 阅读(1449) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: sjPlot包 适用于社会科学、流行病学中调查数据可视化,且能和SPSS数据无缝对接(流行病学问卷调查录入Epidata软件后,都会转成SPSS格式或EXCEL格式保存)。 辅助包sjmisc进行数据转换,配合sjPlot一起使用。 1.频数分布直方图 2.分组频数图 3.横向堆栈条图 调查问卷可视 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:15 生物信息与育种 阅读(1223) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——图形组合、字体选择、保存输出 1.图形组合 一页多图在基础包中利用par和layout函数来切分画布。 ggplot2是先铺好网格背景,再进行绘图,所以要通过切分网格背景来实现一页多图。 gridExtra包(grid扩展包)可用于图形排列组合、表格对象排列组合、规则多边形 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:14 生物信息与育种 阅读(2251) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——主题函数 1. theme函数 系列函数提供了9种不同的风格。 都只有2个参数:base_size表示文字大小,base_family表示字体。 2. ggthemes包 ggplot2扩展包,包括主题函数和标度函数。 ggthemes包种最常见的12种主题。 除了ggth 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:12 生物信息与育种 阅读(1077) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——图形分面 ggplot2的分面faceting,主要有三个函数: facet_grid facet_wrap facet_null (不分面) 1. facet_grid函数 facet_grid函数及参数: 基本用法 分面的灵活性。 分别定义不同图形的坐标轴取值范围(sc 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:11 生物信息与育种 阅读(1918) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——标题 在期刊杂志中,需要设置的图形标题并不多。 除了图形标题,还有坐标轴标题(标签)、图例标题、脚注等。 标题函数: ,`labs` 坐标轴标题函数: ,`ylab` labs的参数可以是 ,也可以是映射属性,如 等来表示图例标题。 标题调整 通过theme函数的参数 。 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:09 生物信息与育种 阅读(2800) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——位置调整函数 可以参数 来调整,也有专门的函数 系列来设置。 位置函数汇总: 1.排列 并排排列 堆栈排列 2.扰动点 上图b和c的扰动方式稍有不同。 3.水平和垂直的调整 包括 ,`position_nudge geom_point(position='nudge')` 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:07 生物信息与育种 阅读(1735) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——坐标系转换函数 包括饼图、环状条图、玫瑰图、戒指图、坐标翻转。 笛卡尔坐标系(最常见)。 ArcGIS地理坐标系(地图)。 Cartesian坐标系。 polar极坐标系。 利用ploar坐标系绘图 函数及参数: 1. 饼图 去掉饼图中心的空白,只需将条形图的标准宽度设为1 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:06 生物信息与育种 阅读(1283) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ggplot2绘图系统——统计变换函数 在几何对象中以参数stat形式出现。 不同的几何对象对应不同的统计变换函数。 以直方图为例,几何对象 与`stat_bin(.., stat='bar')`的作用是一样的。 一般而言,我们不需要对数据进行额外的统计变换,使用默认的就好。但特殊情况时需要用到,如 阅读全文
posted @ 2020-02-14 16:05 生物信息与育种 阅读(1147) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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