生物信息与育种

2020年3月9日

摘要： `bash shell`脚本语法怪异，其他语言循环写入数组或列表都很简单实现，或有相应函数来做。以下用两种方法来实现：方法一 c=0 for i in ;do pre= filelist[$c]="$pre" ((c++)) done echo $c for i in ${filelist[@] 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:44 生物信息与育种阅读(4167) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【Linux】tmux安装（非root）及其使用

摘要： tmux（terminal multiplexer）是Linux上的终端复用神器。 1. 安装（1）下载下载及其依赖软件。（2）安装先安装依赖，再安装tmux。（3）设置环境设置环境变量。 2. 常用命令使用 tmux的结构包括会话(session)、窗口(window)、窗格(pa 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:39 生物信息与育种阅读(4027) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年2月23日

Python Cheatsheet

摘要： Comprehensive Python Cheatsheet =============================== "Download text file" , "Buy PDF" , "Fork me on GitHub" or "Check out FAQ" . Contents 1 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:14 生物信息与育种阅读(584) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言与医学统计图形-【34】绘制统计表格

摘要：表的绘制，主要是临床三线表。 1.tableone包 table1结果： table2结果：快速导出tableone产出的表格。 ReporteRs包安装失败。 2.table1包修饰表格。进一步细节修饰。这个包更多使用参考： "临床三线表" 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:13 生物信息与育种阅读(1692) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言与医学统计图形-【33】生存曲线、森林图、曼哈顿图

摘要： 1.生存曲线基础包survival+扩展包survminer。 survival包内置肺癌数据集lung。生存曲线进一步修饰。其他类型生存曲线绘制。 fun参数默认pct (survival probability in percentage)，即累计生存率，此外fun还可设为cumhaz（c 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:11 生物信息与育种阅读(4650) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言与医学统计图形-【32】海盗图、词云图、日历图

摘要： 1.海盗图参数众多，其语法与基础包类似。基础图。散点图展示年龄分布，盒形图展示平均年龄，beans展示年龄大致分布，越胖越集中。不同主题的海盗图。设置透明度。自定义坐标轴。 2.词云图 3.日历图可展示随时间的变化。如一年中每一天的大气污染物数据。只展示前3个月的数据。从上看出计阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:10 生物信息与育种阅读(1501) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言与医学统计图形-【31】动态交互绘图

摘要： 1.plotly包动态散点图其他动态图 2. recharts包接近基础绘图语法。散点图其他动态图 3. rChart包语法近似于lattice绘图系统。在R中实现Polychart、Morris、NVD3等多个js绘图库。 "https://github.com/ramnathv/rC 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:08 生物信息与育种阅读(1142) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年2月14日

Linux非root安装Python3以及解决SSL问题

摘要：说明接上一篇。 "【Linux】非root安装Python3及其包管理" 上一篇虽然成功安装了Python3及一些常用的模块，但因为一直装不上SSL模块，导致一些包无法安装，尝试了不少方法都失败了（网上好多教程都是错误的，或者是只针对有root权限的用户）。这次重新编译Python3，并一次性解决阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:25 生物信息与育种阅读(2288) 评论(1) 推荐(1) 编辑

【Linux】非root安装Python3及其包管理

摘要： 1. Python 3.8.1安装源码安装常规操作： make后没报错，但出现了如下提示：下载libssl（替代openssl） "https://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/LibreSSL/" 源码编译安装成功。我想指定libssl来编译python3，做了如下尝阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:23 生物信息与育种阅读(2340) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Pycharm的简单配置和使用

摘要：外观 Ctrl+滚轮改变字体大小：file -> Setting ->Editor-〉General -> Mouse；字体、颜色：file->settings->Editor；主题：file->settings->Editor->appearance->theme 注释颜色：File-->Se 阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:20 生物信息与育种阅读(840) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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