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已知 genomic_dna.txt exons.txt 编码 结果 coding_sequence.txt 阅读全文
摘要：
本次课程主题为《基于LC MS的非靶向代谢组学》，主要分为 代谢组学简介 、 代谢组学技术简介 、 非靶向代谢组学方法和数据采集 、 非靶向代谢组学数据分析 和 代谢物结构鉴定 几个方面。 一、代谢组简介 基因组学——What can happen；转录组学——What appears to be 阅读全文
摘要：
代谢是生命体内化学反应的总称，其所包含的代谢物变化规律可直接反映生命体的健康状态。非靶向代谢组学（untargeted metabolomics）可以在系统水平测量生命体内生理或病理状态下所有代谢物的含量变化，为研究其生物学机理提供依据。液相色谱 质谱联用（LC MS）技术是代谢组学研究的主要工具之 阅读全文
摘要：
Proteoforms/Protein species这个概念还是比较有意义的。 人类结构基因组测序接近尾声，人们就从 结构基因组学研究转向功能基因组学 研究，即对转录组和蛋白质组进行研究。1995年正式提出了”蛋白质组”和”蛋白质组学”的概念，距今已有25年历史了。 蛋白质组学的主要技术包括蛋白质 阅读全文
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mGWAS（metabolome based genome wide association studies）的研究方法和GWAS类似，只是将代谢物含量作为表型性状来与基因位点进行关联。但同时它也有自己独特的优势，首先，因为表型测定是比较复杂的，尤其是数量性状表型，极易受环境影响，人为测量可能会有偏 阅读全文
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前言 关于蛋白质组学，你是不是已经听了太多公司的宣讲，介绍了一大堆的技术名词，反而越听越懵懂，脑袋一团乱麻？就和传话游戏一样，当我们接收了多手信息以后，得到的信息就越不准确。那么，何不自己看一看第一手信息呢？比如说DIA。 这里只推荐两篇综述。 第一篇是蛋白质组学泰山北斗的Ruedi Aeberso 阅读全文
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简介 Atom 是 Github 开源的文本编辑器，相当于半个IDE。其特点如下： （1）免费开源，多平台支持（Windows、Mac、Linux）； （2）界面美观、现代化，使用舒适； （3）多文件管理（文件树列表功能）； （4）设置管理很方便，不用像Sublime需要自己手动安装第三方管理插件； 阅读全文
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最近打算开始写一个多组学（包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组）关联分析的R包，避免重复造轮子，在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具，部分罗列如下： 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包，有专门的团队，做了十余年了，引用量也比较高。 官网： "http:/ 阅读全文
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华大的春季培训课程之一： "人类群体基因组学研究进展和策略" ，很好的扫盲课程（侵删）。 阅读全文
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华大的春季培训课程之一： "https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341" ，我认为讲得很好，介绍全面而详细，加了一些个人经验（侵删）。 流程众多，对于结果会有一些差异，尤其是对低频变异。如果很关注低频位点，可多种几款流程比较。 实际上 阅读全文