生物信息与育种

2020年5月13日

摘要：背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念，简单来说， Kmer就是长度为k的核苷酸序列。一般长短为m的reads可以分成 m k+1 个Kmer。Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果。 Denovo组装流程：。组装测序策略：根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值，构建contig 阅读全文

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【Python小试】计算蛋白序列中指定氨基酸所占的比例

摘要：编码解析 Python assert（断言）用于判断一个表达式，在表达式条件为 False 的时候触发异常。断言可以在条件不满足程序运行的情况下直接返回错误，而不必等待程序运行后出现崩溃的情况。 Ref： "https://www.runoob.com/python3/python3 asser 阅读全文

posted @ 2020-05-13 15:24 生物信息与育种阅读(911) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据

摘要： [toc] 一、iMetaLab简介宏蛋白组学是个非常小众的领域，即使从事的学者也并非专门做这个，大多是作为系统生物学的延伸研究。业界有几个比较有影响力的研究团队，一是比利时根特大学的 "(COMPOMICS)" 团队，开发了有代表性的宏蛋白分析工具如 "Unipept" 、 "MetaProte 阅读全文

posted @ 2020-05-13 15:23 生物信息与育种阅读(1273) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年4月27日

【R】表达矩阵指定绘制两样本的相关性散点图？

摘要：表达矩阵要做两两样本的相关性散点图，并计算标明相关系数。编写函数要点：直接在aes中传参是不行的线性回归表达式函数方法1：用!!ensym myplot Ref: "https://stackoverflow.com/questions/15323269/addressing x and 阅读全文

posted @ 2020-04-27 16:29 生物信息与育种阅读(1710) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年4月23日

Docker初试

摘要： 1. docker是啥？自行Google或百度去。。。 "https://yeasy.gitbooks.io/docker_practice/introduction/what.html" 重要概念：镜像 image ：一个特殊的 root 文件系统，除了提供容器运行时所需的程序、库、资源、配置阅读全文

posted @ 2020-04-23 11:40 生物信息与育种阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年4月22日

eggNOG 5.0数据库介绍

摘要： [toc] 1. eggNOG简介最近考虑到所用的一些数据库太旧了，需要更新。在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新 "eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated ortho 阅读全文

posted @ 2020-04-22 17:47 生物信息与育种阅读(9710) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年4月20日

【Python小试】将核酸序列翻译成氨基酸序列

摘要：三联密码表测试结果 MFGDAT_R 阅读全文

posted @ 2020-04-20 23:25 生物信息与育种阅读(3091) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【Python小试】统计一条核酸序列中频数非0或为2的双核苷酸

摘要：概念双核苷酸由任意2个碱基组成测试1 测试2 结果 AA AT AC TG 阅读全文

posted @ 2020-04-20 23:24 生物信息与育种阅读(285) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【Python小试】判断一条序列GC含量高低

摘要：题目：随便给定一条序列，如果GC含量超过65%，则认为高。编程：测试解析 Python提供了__future__模块，把下一个新版本的特性导入到当前版本，于是我们就可以在当前版本中测试一些新版本的特性。主要解决python2版本中和python3不同的一些问题，如print、整数除法、wi 阅读全文

posted @ 2020-04-20 23:23 生物信息与育种阅读(933) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列

摘要：输入 input.txt 编码输出 trimmed.txt 阅读全文

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