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摘要: 肿瘤基因组分析 肿瘤进化过程 基本概念:germline/somatic/driver/passenger mutation 二次打击学说:生殖突变+体细胞突变 主要基于体细胞突变研究 发展趋势:小样本WES——大样本多组学;液体活检,免疫疗法,人工智能,微生物 肿瘤标准分析 肿瘤研究整体流程 测序 阅读全文
posted @ 2020-08-25 09:46 生物信息与育种 阅读(1693) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 前言 早发现,早治疗:2020统计中国每年新发恶性肿瘤392万例,死亡233.8万例,平均每分钟4.5人死亡 肿瘤检测发展:临床——病理——分子——精准 肿瘤十大特征 持续增殖:EGFR,Ras,Raf,P13K,mTOR 细胞能量代谢重编程 抵抗细胞死亡:P53,Bcl2家族,caspase家族 阅读全文
posted @ 2020-08-25 09:44 生物信息与育种 阅读(1447) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.基本概念 癌症是个很宽泛的概念/疾病。临床上的细致划分 异常增殖,长期发展,引发因素,基因突变+个人习惯+环境 病原感染/中国特色:乙肝病毒、HPV、EB病毒、幽门螺杆菌......,基因嵌入 突变积累 人类基因组计划与癌症基因组 基因突变类型 转录水平 表观遗传,CpG 癌基因与抑癌基因。大象 阅读全文
posted @ 2020-08-25 09:43 生物信息与育种 阅读(585) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 先来看一则招聘信息: 关于生物信息流程,不同的分类标准可能得到不一样的分类结果,比如: A review of bioinformatic pipeline frameworks这篇综述中,按照隐式公约框架、明确框架、配置框架和基于类的框架等对现代的生物信息流程框架进行分类。 生信分析流程构建的几大 阅读全文
posted @ 2020-08-11 22:57 生物信息与育种 阅读(2337) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1. 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库(database search)的bottom-up策略研究。也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分,从而实现肽段和蛋白的鉴定和定量。如果是DDA的数据,因为一张二级谱是一条肽段,直接将数据库理论酶切碎裂后的理论谱和实际谱图匹配即可。但如果是D 阅读全文
posted @ 2020-08-05 16:48 生物信息与育种 阅读(4588) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 搭建流程时,我们把各个模块脚本都写好了,现在通过编写主程序将模块串起来,那么怎么样依次(或者并行)将任务自动投递到集群呢?就是说这一步运行完之后,下一步自动运行。我们当然可以在脚本中设一个标志,反复检查这一个标志是否出现来决定是否运行下一步,但这种方法太原始,太多弊端了,耗内存,无法并行,且不可预料 阅读全文
posted @ 2020-08-04 16:13 生物信息与育种 阅读(1353) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 0. 一些基本概念 计算机集群:高性能集群(High Performance Computing,简称HPC)是一组松散或紧密连接在一起工作的计算机。由于这些计算机协同工作,在许多方面它们可以被视为单个系统。集群可以利用多个计算机进行并行计算从而获得很高的计算速度,也可以用多个计算机做备份,从而使得 阅读全文
posted @ 2020-08-04 12:42 生物信息与育种 阅读(1761) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1. DML 数据操作指令 select 查 select 列 from 表 #取某列 select * from 表 #取全部 update 改 update 表 set 列=新值 where 列=某值 #更新列中某个值 update 表 set 列1=新值1, 列2=新值2 where 列=某值 阅读全文
posted @ 2020-08-02 21:09 生物信息与育种 阅读(255) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 传统化疗是对抗癌症的常见方法,但它会攻击全身,造成不必要的副作用,如脱发,恶心和疲劳。 靶向治疗选择性地杀死癌细胞而不影响健康组织。 靶向药物开发将成为治疗癌症的重要手段。 肿瘤的生物信息学数据库对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平提供具有重要作用。 1. 综合性肿瘤数据库 TCGA The Canc 阅读全文
posted @ 2020-08-01 17:37 生物信息与育种 阅读(15434) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 转录组紧紧围绕基因表达量和功能分析两部分,结合生物学问题来进行数据分析。 高表达基因已经研究比较透彻,应该更多关注中低表达基因。 层次聚类的妙用: -- 全部基因——>(差异分析)——>根据趋势挑选部分特异性基因——>功能分析; -- 功能大类聚类——>根据趋势挑选部分特异性功能——>功能小类聚类; 阅读全文
posted @ 2020-07-19 11:45 生物信息与育种 阅读(3144) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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