生物信息与育种

摘要： 前言 早发现，早治疗：2020统计中国每年新发恶性肿瘤392万例，死亡233.8万例，平均每分钟4.5人死亡 肿瘤检测发展：临床——病理——分子——精准 肿瘤十大特征 持续增殖：EGFR，Ras，Raf，P13K，mTOR 细胞能量代谢重编程 抵抗细胞死亡：P53，Bcl2家族，caspase家族 阅读全文

摘要： 1.基本概念 癌症是个很宽泛的概念/疾病。临床上的细致划分 异常增殖，长期发展，引发因素，基因突变+个人习惯+环境 病原感染/中国特色：乙肝病毒、HPV、EB病毒、幽门螺杆菌......，基因嵌入 突变积累 人类基因组计划与癌症基因组 基因突变类型 转录水平 表观遗传，CpG 癌基因与抑癌基因。大象 阅读全文

摘要： 先来看一则招聘信息： 关于生物信息流程，不同的分类标准可能得到不一样的分类结果，比如： A review of bioinformatic pipeline frameworks这篇综述中，按照隐式公约框架、明确框架、配置框架和基于类的框架等对现代的生物信息流程框架进行分类。 生信分析流程构建的几大 阅读全文

摘要： 1. 简介 基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库（database search）的bottom-up策略研究。也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分，从而实现肽段和蛋白的鉴定和定量。如果是DDA的数据，因为一张二级谱是一条肽段，直接将数据库理论酶切碎裂后的理论谱和实际谱图匹配即可。但如果是D 阅读全文

摘要： 搭建流程时，我们把各个模块脚本都写好了，现在通过编写主程序将模块串起来，那么怎么样依次（或者并行）将任务自动投递到集群呢？就是说这一步运行完之后，下一步自动运行。我们当然可以在脚本中设一个标志，反复检查这一个标志是否出现来决定是否运行下一步，但这种方法太原始，太多弊端了，耗内存，无法并行，且不可预料 阅读全文

摘要： 0. 一些基本概念 计算机集群：高性能集群(High Performance Computing，简称HPC)是一组松散或紧密连接在一起工作的计算机。由于这些计算机协同工作，在许多方面它们可以被视为单个系统。集群可以利用多个计算机进行并行计算从而获得很高的计算速度，也可以用多个计算机做备份，从而使得 阅读全文

摘要： 1. DML 数据操作指令 select 查 select 列 from 表 #取某列 select * from 表 #取全部 update 改 update 表 set 列=新值 where 列=某值 #更新列中某个值 update 表 set 列1=新值1, 列2=新值2 where 列=某值 阅读全文

摘要： 传统化疗是对抗癌症的常见方法，但它会攻击全身，造成不必要的副作用，如脱发，恶心和疲劳。 靶向治疗选择性地杀死癌细胞而不影响健康组织。 靶向药物开发将成为治疗癌症的重要手段。 肿瘤的生物信息学数据库对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平提供具有重要作用。 1. 综合性肿瘤数据库 TCGA The Canc 阅读全文

摘要： 转录组紧紧围绕基因表达量和功能分析两部分，结合生物学问题来进行数据分析。 高表达基因已经研究比较透彻，应该更多关注中低表达基因。 层次聚类的妙用： -- 全部基因——>（差异分析）——>根据趋势挑选部分特异性基因——>功能分析； -- 功能大类聚类——>根据趋势挑选部分特异性功能——>功能小类聚类； 阅读全文

摘要： 缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源：完全随机缺失（MCAR，如质谱仪抖动，对数据影响无偏好性，均一分布），随机缺失（MAR，依赖于其他观测变量，如时间梯度越长采集越可能出现缺失值），非随机缺失（MNAR，依 阅读全文