摘要：
转自希望组公众号。学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦（Betula pendula）是一种速生乔木，能在短短一年时间内开花，木质坚实，可做细工、家具等，经济价值极高。近日，芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序，并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序，为林木基因组学研究和遗传改 阅读全文
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前提是gz文件超大，如上百G，肯定不能直接解压来做。 不解压情况下获取gz超大文件的前/后几行？ gzip -cd test.gz |head -100 gzip -cd test.gz |tail -100 Perl读入gz文件操作？ use PerlIO::gzip; open IN,"<:gz 阅读全文
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1.分析软件 很多很多软件，最常用的有： MEGA PHYLIP 构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法），Booststrap验证。 通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。 如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。可以用类似SNPhylo的 阅读全文
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之前一直用的putty，现在改用Xshell了，首次配置记录下，免得以后折腾。 双击复制，右击粘贴 双击复制全路径 将以下分隔符中默认的.（点）,-(减号)，/（反斜杠）去掉，注意不要重置，确定即可。 复制窗口：双击窗口 编码：设置utf-8 终端——编码-utf-8 外观设置： 窗口化文件传输 搭 阅读全文
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DT和downloadButton应用 library(shiny) library(DT) ui <- shinyUI( fluidPage( titlePanel("DT test"), downloadButton('downloadData', 'Download'), fluidRow( 阅读全文
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服务器部署简介 之前学过一点点R shiny，但只是自己随便在本地R中试用，没试过部署服务器。最近老板要我写个小工具供用户使用，没搞过，头有点大。 一般地，可将shiny部署在shinyapps.io上，适合小工具，但免费数量有限，国外服务器访问慢，不宜公开部署。 部署示例代码： #### 部署在s 阅读全文
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生信人员主要还是做序列信息的数据分析，平时自己的工作，直接跑代码运行得到结果。但如果要开发一个小工具给普通用户使用，就一个简单的上传数据，然后得到数据分析的结果，这就难倒了一大批人。前端的展示甚至比功能代码部分更让人头疼，CSS+HTML+Javascript了解一下，Django、Flask、To 阅读全文
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本课件来自百博智慧大讲堂65期：数量遗传、植物育种，由中国农科院作科所李慧慧老师主讲。仅供学习，侵删。 https://wx.vzan.com/live/tvchat-1033599316?jumpitd=1&fr=&sharetstamp=1601645963165&shareuid=204601 阅读全文
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安装pysam时报错： 指定版本仍报错： 使用pysam-win安装： 但是import时不行： 貌似pysam在windows下难以正常配置，还是在Linux中用吧。 https://www.jianshu.com/p/0a6eaed4d5e5 阅读全文
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1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和系谱，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋 阅读全文