生物信息与育种

摘要： 1.混合测序基础 测序成本虽然下降了，但对于植物育种应用研究来说还是很高，动不动就上百群体，小小植物个体价值又低，测完了很可能后面就用不到了。这时，混合样本测序是一种省钱的好办法。 混池测序（Pool-seq）相对于GWAS或其他精细定位策略而言，其实是一个初定位产品，其结果很有可能是跟性状相关的候 阅读全文

摘要： 1. 理论 rrBLUP是基因组选择最常用的模型之一，也是间接法模型的代表。回顾一下，所谓间接法是指：在参考群中估计标记效应，再结合预测群的基因型信息将标记效应累加，最终获得预测群的个体估计育种值。而直接法则是指：将个体作为随机效应，参考群体和预测群体遗传信息构建的亲缘关系矩阵作为方差协方差矩阵，通 阅读全文

摘要： 虽然接触了好几年python，但一些细节没有注意。最近看网课，看到这个Windows系统下Python多版本管理的问题，记录下备忘。 假设现在windows环境中有python2，python3和anaconda三个python不同的版本，如何高效随意调用我们想要的那个Python呢？ 我理解的环境 阅读全文

摘要： 最近安装github上的R包，经常显示Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, : 无法打开URL'https://api.github.com/repos/之类的错误。起初以为是网络的问题，换了 阅读全文

摘要： 文献来源： 尹立林, 马云龙, 项韬, 朱猛进, 余梅, 李新云, 刘小磊, 赵书红. 全基因组选择模型研究进展及展望[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 233-242. 华中农大赵书红老师于2019年发表在《 畜牧兽医学报》上的综述，主要针对动物。 1. GS概况 2009年开始奶 阅读全文

摘要： Genomic SelectioninPlant Breeding: Methods,Models,and Perspectives 国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）José Crossa 2017年发表在《Trends in Plant Science》上的综述。 1. GS/GP在植物育种中 阅读全文

摘要： GS应用主要在国外大型动物和种企，国内仍以学术为主。近期整理相关学术文献，了解到一些相关研究人员，记录下备忘查询，但不可能全面。 1.GS研究 Theo Meuwissen（挪威生命科学大学） GS概念提出者，号称“基因组选择之父”，贝叶斯方法为主，但是做动物的，所以可略过。 https://www 阅读全文

摘要： 综述：Genomic Selection in the Era of Next Generation Sequencing for Complex Traits in Plant Breeding 要点： MAS仅对数量较少的主效QTL有效，而GS适用于大量微效QTL控制的复杂数量性状。GS根据分布 阅读全文

摘要： 转自公众号Eric生信小班。学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachi 阅读全文

摘要： 转自公众号Mol Plant植物科学，学习三代组装策略 PacBio+BioNano+Hi-C+遗传图谱 薏苡，又称薏米或薏苡仁，起源于亚洲，是远古乃至中国夏商时代最重要的作物之一。据文献记载及考古学发现互相印证，薏苡在中国有~7000年的栽培和驯化历史[1]。薏苡除了作为我国原产的传统药、食两用经 阅读全文