生物信息与育种

摘要： 1. 优势杂交育种预测 杂交育种：选育优良纯合亲本，再进行亲本配组。 杂种优势与亲本间的遗传差异有关，前人通过遗传标记计算亲本间的遗传距离。但遗传距离和杂种优势的相关性只能在一定程度上定性地评价杂交组合的表现，并不能定量地预测表现。 从利用遗传标记的QTL到早期家畜的BLUP方法，GS应用初具雏形， 阅读全文

摘要： 一文读懂最大似然估计(附R代码) R语言中的最大似然估计 最大似然估计(Maximum likelihood estimation)(通过例子理解) https://blog.csdn.net/qq_39355550/article/details/81809467 阅读全文

摘要： 我们最常用最熟悉的功能数据库之一：GO（gene onotology），基因本体论。其实是一套标准词汇术语，目的是从不同角度来描述某个基因的特点和功能，三大本体如生物学进程（BP）、分子功能（MF）和细胞组分（CC）。 看文献的时候，偶然看到了TO（trait onotology）和CO（crop 阅读全文

摘要： 说明 Admixture通过EM算法一般用于指定亚群分类；或者在不知材料群体结构背景下，通过迭代交叉验证获得error值，取最小error对应的K值为推荐亚群数目。如果我们预先已知群体的类型（百分百确信），那么可以考虑监督分类方法，设置标签，提高分群的准确性。 Admixture目前是1.3.0，文 阅读全文

摘要： 最近看了不少统计基因组方面的资料，以为懂了，其实懵逼。实在是因为统计学基础太菜，似懂非懂，似是而非。记录下自己的理解，求轻喷。 1.GWAS模型 GWAS是表型和基因型之间的相关性分析，然而这个相关性用什么统计方法？ GWAS模型的发展： 1.1卡方检验 实际比例是否符合预期分离比例，若不符合则认为 阅读全文

摘要： 说明 Enhancing Genetic Gain through Genomic Selection: From Livestock to Plants 这篇是徐云碧老师2019年发表在《Plant Communications》上的综述。徐老师是农科院作科所以及CIMMYT的分子育种专家，著有《 阅读全文

摘要： 中国农业大学等多家单位2017年合作发表在《遗传》杂志上的综述，笔记之。 作者中还有李宁院士，不胜唏嘘。 1.概述 GS的两大难题：基因组分型的成本，基因组育种值（genomic estimted breeding value, GEBV）的准确性。 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱 阅读全文

摘要： 一个简单的需求： 拼接两个图，一行两列，但不要一样大，让主图占的比例大些（如2/3），另一个图小一些（如1/3） 如上，我想突出曼哈顿图。 R相关的拼图函数及包： 基础函数如par(mar =c(3, 2, 2, 1)), par(mfrow=c(1,2))，layout(matrix(c(2,1) 阅读全文

摘要： 参考： 视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？ 阅读全文

摘要： 注：此PPT来自上海交通大学附属第六人民医院陈璐老师的讲座，侵权删。\ 陈老师主要做代谢疾病的，讲座中提到的两个工具可下源码：https://github.com/chentianlu 另外，想要代谢入门的同学可读读她写的代谢组学数据分析综述文章： 梁丹丹，李忆涛，郑晓皎，陈天璐等，代谢组学全功能软 阅读全文