摘要：
1. 建立项目团体 多机构合作，数据和利益共享。 2. 收集目标基因组信息 考虑的因素： 基因组大小、倍性、杂合性、GC含量和重复。 数据库查询： fungi (http://www.zbi.ee/fungalgenomesize) animals (http://www.genomesize.co 阅读全文
摘要：
安装R包时这个错误是经常见到的。我认为有几个方法可解决，记录之。 1. 更新R（不推荐） 简单粗暴的方法就是更新R，但这波及的范围太大了，不到万不得已不建议。 2. 更改或指定镜像源 出现这个问题很有可能是你现在用的镜像中未纳入这个包，一是可以多换个源试试。如： install.packages(' 阅读全文
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单倍型，即单倍体基因型，概念很好理解。 单倍型分型的过程就称之Phasing，定相或基因分型。 Phasing的意义，在人类疾病遗传和动植物群体遗传中非常重要。也是imputation的必经过程。 vcf文件中，./.和.|.分别表示未定相和已定相。 Phasing的方法： 家系定相，最准确，一般根 阅读全文
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组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI，稳定可靠，数据质量高，成本低，读长短。 三代测序平台如PacBio、Nanopore，超长读长、无PCR扩增，错误率高，成本高。 现在物种的简单基因组基本已完成大多，纯二代组装已经没什么意义，复杂基因组或者高质量基因组基本都是三代测序为主。 由于经费 阅读全文
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前言 虽然我的win版本R已经用4了，但之前在Linux环境一直没用R4.0，因为Linux涉及的东西太多，担心不稳定，牵一发而动全身。 但现在有好些R包必须要用更新到R4.0以上才能用了（主要是Rcpp版本太低），有的包本身升级时也要考虑不同版本的R，不更新一些函数功能用不了。 今天又碰到了这个问 阅读全文
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GS两步走 示例 缩短周期和成本 分类 杂交类型 试验研究 选择响应 选择的强度 选择的周期 预测能力 数据分析的注意事项 GS实施 优缺点 GS的成功 展望 本课件来自Jose Osorio的报告（2013IIIinois Corn Breeders' School） 阅读全文
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说明 最近在用Python的join函数连接多个列表时，出现了如下两个错误，即合并类型不一致。折腾了很久才找到原因，真是基础不牢，地动山摇。 TypeError: sequence item 3: expected str instance, int found 或 TypeError: can o 阅读全文
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人类微生物组计划HMP https://commonfund.nih.gov/hmp 国家基因库MDB https://db.cngb.org/microbiome/ Human Gut (9.9M) https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/geneca 阅读全文
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MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件，实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因，我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大，尤其在命令行模式下。网上的关于这方面 阅读全文
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需求 我有一个物种taxonomy ID的list，想获得相应的物种名，不要一个个去NCBI Taxonomy官网查。反之根据物种名list查询对应的taxid。 实现 因为之前没怎么用过，我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配。一般下载下来的数据库会有names.dmp和 阅读全文