摘要：
需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if 阅读全文
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ln -s 改成 ln -sf f在很多软件的参数中意味着force ln -sf /usr/bin/bazel-1.0.0 /usr/bin/bazel 阅读全文
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1.原理的区别 主要区别在于，非加权组平均法（UPGMA）是基于平均链接方法的聚集层次聚类方法，而邻接法（NJ）是基于最小演化准则的迭代聚类法。 UPGMA的假定条件是：在进化过程中，每一世系发生趋异的次数相同，即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的。 UPGMA生成有根树，而NJ生成无根树。由于 阅读全文
摘要：
下了一些sra数据库中的公共数据，因为pretech和aspera不稳定，稍微大点的文件经常传断，部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了，sra没有md5校验，我怎么知道我数据的完整性，尤其是通过本地下载的那些数据？ 网上查了下是说，sra是自带md5校验的（The SRA archive 阅读全文
摘要：
python写流程控制的时候，有时需要等待运行结果完成才能进行下一步。有几个想法： 一是反复循环判断直到生成结果文件（且文件中有预期结果），低效易出错； 二是用subprocess模块来判断进程结果，较为常用； 三是用drmaa包，功能强大，但使用相对复杂。 这次介绍如何用subprocess来实现 阅读全文
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网上有一些很详细的教程，我这里只记录要点，其余部分按以下教程步骤来就行。 1. PicGo安装 国内下载可能较慢，取决于你的网速。下载安装好后，需要安装nodejs 和gitee插件，直接在PicGo上安装可能很慢，建议用npm在命令行安装gitee插件。 npm install picgo-plu 阅读全文
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1. 什么是单倍型？ 同源染色体：同源染色体，一个来自母本，一个来自于父本。 单倍型：单倍体基因型的简称。遗传学上指在单条染色体上一系列遗传变异位点的组合。 2. 单倍型组装的意义？ 目前，大多数二倍体基因组组装都忽略了同源染色体之间的差异，将基因组组装成一个假的单倍体序列，这是二倍体类型的组装的人 阅读全文
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前言 王向峰老师2020年发表在《Genomics Proteomics Bioinformatics》（IF=6.597）上的文章。对于做数据分析的人来说，如何挖掘公共数据，如何从海量SNP中挖掘目标SNP等问题都是每天要面对的，这篇文章给了一个参考，很值得学习。 文章从水稻变异数据库RVD的子库 阅读全文
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记录下下载过程，为自己和后人避坑。 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors 阅读全文
摘要：
前言 植物基因组大小跨越几个数量级，倍性和杂合性变化，以及新旧基因组转座子变化等带来组装挑战。三代和物理图谱提供了新机会，单倍型定相、结构变异分析、从头泛基因组研究成为新兴组装热点。 植物基因组发展： 拟南芥：sanger BAC-by-BAC。 shotgun OLC （CELERA assemb 阅读全文