摘要：
samtools用conda安装后，总是出现共享库缺失的报错。即便你刚安装samtools时可以用，但后面在同一环境中安装其他相关软件，有可能产生了冲突，导致库替换，因而报错。 避免这种情况，可能最好是给samtools单独一个环境。但我不喜欢这样，我的习惯是一般做一件事才建一个环境，不然环境太多了 阅读全文
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之前最多只做过两类单水平的分面，即两两组合的面板图。如果某类超过两个水平呢？ 一类的分面：facet_wrap(~ align) 两类的分面（x轴和y轴）：facet_grid(align ~ gender) 如果某类超过两水平，如何实现？ 很简单：facet_wrap(~ align + gend 阅读全文
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前言 通常我们用rbind和cbind合并相同行列的数据框。当两个数据框具有不同行列数目时，直接用会报错。 > df1 <- data.frame(a = c(1:5), c = c(6:10));df1 a c 1 1 6 2 2 7 3 3 8 4 4 9 5 5 10 > df2 <- dat 阅读全文
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生信其实很简单，就是用别人的工具调参就行了。生信也很折腾，哪一步都可能遇到问题，随时让你疯掉（老辩证法了~）。但是，你遇到的问题大部分人也都经历过。这时，检索技能就显得很重要了。平时Biostar和StackOverflow之类的网站肯定要经常光顾的。 另外，Researchgate论坛上有一些整理 阅读全文
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ggplot虽然好用，但base才是真正的瑞士军刀，什么都能用，各种自定义图形自由组合，出版级图片用base才是王道。但要达到随心所欲，需要熟练掌握。 legend是比较重要的低级函数，有很多细节处理，用的时候记不起来，实践的时候也要调来调去。这里转载一篇博文，比较详细，不要刻意去记，用的时候对照一 阅读全文
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在GWAS分析的结果中，偶尔会遇到到pvalue为0的SNP位点，这时如果直接做曼哈顿或QQ图，会出错，因为log0无意义。 此时，该如何处理？ 如果你用的是Plink1.9来做的GWAS，可加一个参数： --output-min-p 1e-99，即将小于1e-99的pvalue都当成1e-99，0 阅读全文
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需求 客户反映，完整的基因组太大打不开，要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现？ 方法一 借助工具： $ pip install pyfaidx $ faidx -x sequences.fa 方法二 自己写脚本：split.pl #!/usr/bin/perl $f = $ARG 阅读全文
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conda是个安装软件的神器，但镜像不稳定，下载安装软件的速度有时很慢。对于几十Mb甚至上百Mb的软件往往下不动，下了半天可能失败。 找了一个叫mamba的加速神器，可以用来并行下载和安装，大大加快速度，减少失败几率。 首先，mamba本身需要先通过conda来安装： conda install - 阅读全文
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生信软件绕不过Perl，Perl绕不过Bioperl。而Bioperl的安装总让人头大，尤其是对普通用户。以下错误你肯定经常遇到： Can't locate Bio/Seq.pm in @INC (you may need to install the Bio::Seq module) (@INC 阅读全文
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前言 将vcf转化为plink格式时，命令如下： plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误： Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do not 阅读全文