生物信息与育种

2021年6月16日

【豆科基因组】利马豆/洋扁豆Lima bean(Phaseolus lunatus L.)基因组2021NC

摘要：一、来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article numbe 阅读全文

posted @ 2021-06-16 22:56 生物信息与育种阅读(511) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata苏绿基因组预印

摘要：一、来源 High-quality genome assembly, annotation and evolutionary analysis of the mungbean (Vigna radiata) genome. November 2020. DOI:10.22541/au.1605871 阅读全文

posted @ 2021-06-16 18:04 生物信息与育种阅读(758) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【豆科基因组】豇豆Cowpea，Vigna unguiculata [L.] Walp.基因组2019PJ

摘要：来源 The genome of cowpea (Vigna unguiculata [L.] Walp.). Plant J . 2019 Jun;98(5):767-782. doi: 10.1111/tpj.14349. 单位：University of California Riversid 阅读全文

posted @ 2021-06-16 16:17 生物信息与育种阅读(719) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年6月15日

【豆科基因组】小豆（红豆）adzuki bean, Vigna angularis基因组2015

摘要：一、来源 2015年发表的两篇红小豆文章。研究一：Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis Kang, Y., Satyawan, D., Shim, S. et al. Draft genome sequence of adzuk 阅读全文

posted @ 2021-06-15 16:50 生物信息与育种阅读(700) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata基因组2014NC

摘要：来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome sequence of mungbean and insights into evolution within Vigna species. Nat Commun 5, 5443 (2014). https:// 阅读全文

posted @ 2021-06-15 12:59 生物信息与育种阅读(1403) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年6月9日

Linux服务器查看个人硬盘配额

摘要： quota -uvs 阅读全文

posted @ 2021-06-09 11:26 生物信息与育种阅读(224) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年5月28日

Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？

摘要：问题原问题来自：How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions？其实可分为两个问题：一是我组装了一个新的基因组，做了多个注释版本，如何比较它们的feature？比如gene 二是我组装了一个新的阅读全文

posted @ 2021-05-28 18:55 生物信息与育种阅读(487) 评论(0) 推荐(0) 编辑

如何根据fasta快速统计基因组大小及其各染色体长度？

摘要：基因组长度利用seqkit统计长度 seqkit stat test.fa 结果如下： file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len test.fa FASTA DNA 149 396,098,845 10,246 2,658, 阅读全文

posted @ 2021-05-28 14:13 生物信息与育种阅读(3196) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年5月26日

使用FastqCount统计fastq文件基本信息？

摘要： 1. FastqCount简介快速实用小工具：FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括： Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用压缩文件可搭配pigz使用更香。阅读全文

posted @ 2021-05-26 21:00 生物信息与育种阅读(1352) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2021年5月24日

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

摘要：记录下braker2的使用要点，以备忘记。流程使用 braker2有很多流程，根据你的数据：组装的基因组、转录组、蛋白（同源，包括近缘或远缘）选择不同流程，官网有说明： https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装，大多数都含有以上三类数据吧，阅读全文

posted @ 2021-05-24 21:28 生物信息与育种阅读(2222) 评论(1) 推荐(0) 编辑

生物信息与育种

生信、AI、大数据与育种相关，微信公众号：生物信息与育种

公告