摘要：
iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结。最近重用，调图时又发现了些细节，记录下备忘。 1. 注册 不注册也可用，但注册登录可保存树在itol网站上。 2. 去枝长 进化树能展示枝长是最好的，能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的，也可 阅读全文
摘要：
折腾 数据分析用惯了R，感觉pandas用起来就有点反人类了。今天用python的pandas处理数据时两个数据框硬是合并不起来。 我有两个数据框，列名是未知的，只能知道索引，以及哪两个索引是用做主键合并的。（别问我为啥列名未知，因为我是开发工具）。 思路是这样的，找到主键列，重命名，再合并。 df 阅读全文
摘要：
问题来源 我有两个文件，一个是plink过滤后得到的.fam文件（空格分隔）；另一个是样本对应关系文件（tab分隔）。 文件1： 文件2： 两个文件匹配，awk常规操作。这里我想要保留文件2中和文件1第一二列匹配得到的样本（匹配后文件2的第一列）。当然这里两个文件数目是一样的，所以应该全部匹配才对（ 阅读全文
摘要：
一、前沿概述 Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans DOI:10.1016/j.cell.2020.05.023 2020年田志喜老师和梁承志老师强强联合发表大豆泛基因组，这篇文章具有里程碑意义，预示着作物泛基因组时代到来。今年水稻泛基因组同样的策略发 阅读全文
摘要：
大豆又名菽，在我国已有5000多年的大豆种植历史。大豆起源于中国，由分布于黄淮流域（北纬32-40度）的野生大豆驯化而来。随后广泛传播到世界各地，为人类提供了主要的植物油料和蛋白资源。 据统计, 全世界现有60 000份不同类型的大豆种质资源。毫无疑问，大豆的研究价值是所有豆科作物中最高的。这里对大 阅读全文
摘要：
本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现出地理上的遗传分化。利用纬度相差10°的两个位置（北京、武汉）收集的表型数据，鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP（TAS），包括一个稳定 阅读全文
摘要：
一、来源 Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions associated with domestication and agronomic traits. Nat Genet. 2 阅读全文
摘要：
一、来源 Resequencing of 683 common bean genotypes identifies yield component trait associations across a north–south cline. January 2020 Nature Genetics 阅读全文
摘要：
一、来源 Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits. Nat Genet. 阅读全文
摘要：
菜豆属（Phaseolus L.）为同源二倍体作物，包含有80 多个物种，多数为野生种，仅有5 个栽培种，分别为普通菜豆（P. vulgaris L.）、多花菜豆（P. cocineus L.）、利马豆（P. lunatus L.）、丛林菜豆（P. dumosus L.）和宽叶菜豆（P. acuti 阅读全文