摘要：
变量 WDL的变量不同于一般语言变量，应该叫“占位符”——一旦赋值之后，不能在后续运行中变化 “先声明，再使用”，变量类型有严格规定，主要体现在String和File 变量可出现在workflow和task，也可以在runtime属性中，使用变量，提高流程灵活性 基础数据类型 File File是指 阅读全文
摘要：
内置函数主要分为三大类： 输入输出：stdout, stderr,read_tsv 信息获取类：defined, glob, basename, select_first 变量操作：prefix, sub WDL函数的目的主要在于粘合task，不要用于一般的数据处理操作（放在task中处理） 输入输 阅读全文
摘要：
WDL（Workflow Description Language）Broad Institute推出，描述流程。 解决的核心问题：复杂问题的执行和资源管理。将更多精力放在如何实现功能（如比对、处理、绘图等 ），而作业运行（执行顺序、软件版本记录等）交给WDL。 语法定义参考Python。 版本：d 阅读全文
摘要：
WDL语言基本概念 两级结构：workflow, task runtime：镜像，memory等 output可以没有，如重命名等操作。 A、B无顺序要求 WDL脚本基本结构 task 1. 输入 文件、数值、字符串等信息 task fastq_to_bam{ File fastq File ref 阅读全文