摘要:
变量 WDL的变量不同于一般语言变量,应该叫“占位符”——一旦赋值之后,不能在后续运行中变化 “先声明,再使用”,变量类型有严格规定,主要体现在String和File 变量可出现在workflow和task,也可以在runtime属性中,使用变量,提高流程灵活性 基础数据类型 File File是指 阅读全文
摘要:
内置函数主要分为三大类: 输入输出:stdout, stderr,read_tsv 信息获取类:defined, glob, basename, select_first 变量操作:prefix, sub WDL函数的目的主要在于粘合task,不要用于一般的数据处理操作(放在task中处理) 输入输 阅读全文
摘要:
WDL(Workflow Description Language)Broad Institute推出,描述流程。 解决的核心问题:复杂问题的执行和资源管理。将更多精力放在如何实现功能(如比对、处理、绘图等 ),而作业运行(执行顺序、软件版本记录等)交给WDL。 语法定义参考Python。 版本:d 阅读全文
摘要:
WDL语言基本概念 两级结构:workflow, task runtime:镜像,memory等 output可以没有,如重命名等操作。 A、B无顺序要求 WDL脚本基本结构 task 1. 输入 文件、数值、字符串等信息 task fastq_to_bam{ File fastq File ref 阅读全文